请帮我输出完整的近邻传播聚类的基本代码框架
时间: 2024-05-15 09:15:35 浏览: 84
近邻传播聚类源码(C++)
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以下是近邻传播聚类的基本代码框架:
1. 导入必要的库和数据集
```python
import numpy as np
import networkx as nx
# 导入数据集
data = np.loadtxt("data.txt")
```
2. 计算相似度矩阵
```python
# 计算相似度矩阵
similarity_matrix = np.exp(-1 * np.power(data[:, np.newaxis] - data, 2).sum(axis=2))
```
3. 初始化传播矩阵
```python
# 初始化传播矩阵
n = data.shape[0]
propagation_matrix = np.zeros((n, n))
```
4. 进行传播
```python
# 进行传播
for i in range(n):
# 计算每个样本与其他样本的相似度排名
rank = similarity_matrix[i].argsort()[::-1]
# 将自身加入到邻居中
neighbors = np.append(rank[1:k+1], i)
# 计算邻居中每个样本接收的传播值
values = similarity_matrix[i, neighbors]
values /= values.sum()
# 更新传播矩阵
propagation_matrix[neighbors[:, np.newaxis], neighbors] += values[:, np.newaxis] * values
```
5. 根据传播矩阵构建图并进行聚类
```python
# 根据传播矩阵构建图
graph = nx.from_numpy_matrix(propagation_matrix)
# 进行聚类
clusters = list(nx.connected_components(graph))
```
完整代码框架如下:
```python
import numpy as np
import networkx as nx
# 导入数据集
data = np.loadtxt("data.txt")
# 计算相似度矩阵
similarity_matrix = np.exp(-1 * np.power(data[:, np.newaxis] - data, 2).sum(axis=2))
# 初始化传播矩阵
n = data.shape[0]
propagation_matrix = np.zeros((n, n))
# 设置邻居数量
k = 10
# 进行传播
for i in range(n):
# 计算每个样本与其他样本的相似度排名
rank = similarity_matrix[i].argsort()[::-1]
# 将自身加入到邻居中
neighbors = np.append(rank[1:k+1], i)
# 计算邻居中每个样本接收的传播值
values = similarity_matrix[i, neighbors]
values /= values.sum()
# 更新传播矩阵
propagation_matrix[neighbors[:, np.newaxis], neighbors] += values[:, np.newaxis] * values
# 根据传播矩阵构建图
graph = nx.from_numpy_matrix(propagation_matrix)
# 进行聚类
clusters = list(nx.connected_components(graph))
print(clusters)
```
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