tissue-type classifier代码
时间: 2023-07-02 16:16:56 浏览: 122
GTEx V8 single-tissue-cis-qtl eQTL-EUR
以下是一个基于Python和TensorFlow的组织类型分类器的代码示例,可供参考:
```
import tensorflow as tf
import numpy as np
# 定义CNN模型
def tissue_type_classifier(input_shape, num_classes):
model = tf.keras.Sequential([
tf.keras.layers.Conv2D(32, (3, 3), activation='relu', input_shape=input_shape),
tf.keras.layers.MaxPooling2D((2, 2)),
tf.keras.layers.Conv2D(64, (3, 3), activation='relu'),
tf.keras.layers.MaxPooling2D((2, 2)),
tf.keras.layers.Conv2D(64, (3, 3), activation='relu'),
tf.keras.layers.Flatten(),
tf.keras.layers.Dense(64, activation='relu'),
tf.keras.layers.Dense(num_classes)
])
return model
# 加载数据
train_data = tf.keras.preprocessing.image_dataset_from_directory(
'path/to/training/directory',
labels='inferred',
label_mode='categorical',
batch_size=32,
image_size=(256, 256))
test_data = tf.keras.preprocessing.image_dataset_from_directory(
'path/to/testing/directory',
labels='inferred',
label_mode='categorical',
batch_size=32,
image_size=(256, 256))
# 创建模型
input_shape = train_data[0][0].shape[1:]
num_classes = len(train_data.class_names)
model = tissue_type_classifier(input_shape, num_classes)
# 编译模型
model.compile(optimizer='adam',
loss=tf.keras.losses.CategoricalCrossentropy(from_logits=True),
metrics=['accuracy'])
# 训练模型
model.fit(train_data, epochs=10, validation_data=test_data)
# 评估模型
test_loss, test_acc = model.evaluate(test_data)
print('Test accuracy:', test_acc)
```
需要注意的是,该示例代码中的数据加载部分需要根据实际情况进行修改,以确保正确加载和处理数据。此外,还可以根据需要调整CNN模型的结构和参数,以获得更好的分类效果。
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