给我一个可重复的GO富集分析词云可视化脚本
时间: 2023-09-18 17:09:22 浏览: 57
好的,以下是一个基于R语言的GO富集分析词云可视化脚本,可以用于分析任何基因或蛋白质列表的GO富集结果,并生成相应的词云图像。
```R
# 加载必要的包
library(clusterProfiler)
library(wordcloud2)
# 设置参数
gene_list <- c("gene1", "gene2", "gene3", ...) # 基因或蛋白质列表
org <- "hsa" # 物种(例如:人类为“hsa”)
ont <- "BP" # GO分支(例如:生物过程为“BP”)
pvalueCutoff <- 0.05 # 显著性水平(默认为0.05)
qvalueCutoff <- 0.05 # FDR阈值(默认为0.05)
# 进行GO富集分析
ego_BP <- enrichGO(gene = gene_list, OrgDb = org, ont = ont,
pvalueCutoff = pvalueCutoff, qvalueCutoff = qvalueCutoff)
# 提取富集结果中的GO术语和其对应的显著性水平
term <- ego_BP@result$Description
pvalue <- -log10(ego_BP@result$Pvalue)
# 生成词云图像
wordcloud2(data = data.frame(term, pvalue),
size = 0.5, color = "random-light",
fontFamily = "微软雅黑", fontWeight = "bold",
backgroundColor = "#f9f7f7", minSize = 1)
```
使用时,只需将基因或蛋白质列表替换为自己的数据,并根据需要修改物种、GO分支、显著性水平、FDR阈值等参数即可。生成的词云图像可以通过调整参数和样式来实现更好的可视化效果。