给我一个可重复的GO富集分析词云可视化脚本

时间: 2023-09-18 17:09:22 浏览: 57
好的,以下是一个基于R语言的GO富集分析词云可视化脚本,可以用于分析任何基因或蛋白质列表的GO富集结果,并生成相应的词云图像。 ```R # 加载必要的包 library(clusterProfiler) library(wordcloud2) # 设置参数 gene_list <- c("gene1", "gene2", "gene3", ...) # 基因或蛋白质列表 org <- "hsa" # 物种(例如:人类为“hsa”) ont <- "BP" # GO分支(例如:生物过程为“BP”) pvalueCutoff <- 0.05 # 显著性水平(默认为0.05) qvalueCutoff <- 0.05 # FDR阈值(默认为0.05) # 进行GO富集分析 ego_BP <- enrichGO(gene = gene_list, OrgDb = org, ont = ont, pvalueCutoff = pvalueCutoff, qvalueCutoff = qvalueCutoff) # 提取富集结果中的GO术语和其对应的显著性水平 term <- ego_BP@result$Description pvalue <- -log10(ego_BP@result$Pvalue) # 生成词云图像 wordcloud2(data = data.frame(term, pvalue), size = 0.5, color = "random-light", fontFamily = "微软雅黑", fontWeight = "bold", backgroundColor = "#f9f7f7", minSize = 1) ``` 使用时,只需将基因或蛋白质列表替换为自己的数据,并根据需要修改物种、GO分支、显著性水平、FDR阈值等参数即可。生成的词云图像可以通过调整参数和样式来实现更好的可视化效果。

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