scipy中层次聚类怎么做
时间: 2023-10-18 09:21:12 浏览: 43
在scipy中进行层次聚类可以使用scipy.cluster.hierarchy模块中的函数。以下是一个简单的例子:
```python
import numpy as np
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
import matplotlib.pyplot as plt
# 生成随机数据
np.random.seed(4711)
a = np.random.normal(size=[10, 2])
b = np.random.normal(size=[10, 2]) + [5, 5]
X = np.concatenate((a, b))
# 层次聚类
Z = linkage(X, 'ward')
# 绘制树状图
plt.figure(figsize=(10, 5))
dendrogram(Z)
plt.show()
```
这个例子生成了20个二维随机数据点,然后使用`linkage`函数进行层次聚类,使用`dendrogram`函数绘制树状图。`linkage`函数的第二个参数指定了使用的聚类算法,这里使用的是ward算法。
输出结果是一棵树状图,其中横轴是数据点,纵轴是聚类的距离。从下往上,每个节点表示一次聚类,最终的根节点表示所有数据点的聚类。可以根据需要将树剪枝,从而得到不同的聚类结果。
相关问题
层次聚类pythonscipy_【python】利用scipy进行层次聚类
层次聚类是一种无监督学习算法,它将数据集分成一些由相似性构成的层次结构。在Python中,我们可以使用scipy库中的函数来执行层次聚类。
以下是一个示例代码,展示如何使用scipy进行层次聚类:
```python
import numpy as np
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
import matplotlib.pyplot as plt
# 生成随机数据
np.random.seed(0)
x = np.random.random((10, 2))
# 层次聚类
Z = linkage(x, 'ward')
# 绘制树状图
fig = plt.figure(figsize=(5, 3))
dn = dendrogram(Z)
plt.show()
```
在上面的代码中,我们首先使用numpy生成了一个随机数据集。然后使用scipy库中的linkage函数进行层次聚类,使用'ward'方法计算距离。最后,我们使用dendrogram函数绘制了树状图。
通过调整linkage函数中的参数和使用不同的距离度量方法,可以实现不同的层次聚类算法。
scipy层次聚类代码
Scipy是一个开源的Python科学计算库,其中包含了许多用于数据分析和聚类的功能。层次聚类是一种无监督学习算法,用于将数据集中的样本按照相似性进行分组。Scipy提供了一个层次聚类的模块`scipy.cluster.hierarchy`,其中包含了实现层次聚类的函数。
下面是一个使用Scipy进行层次聚类的示例代码:
```python
import numpy as np
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
import matplotlib.pyplot as plt
# 创建一个样本数据集
X = np.array([[1, 2], [1, 4], [1, 0], [4, 2], [4, 4], [4, 0]])
# 使用linkage函数进行层次聚类
Z = linkage(X, 'single')
# 绘制树状图
dendrogram(Z)
plt.title('Hierarchical Clustering Dendrogram')
plt.xlabel('Sample Index')
plt.ylabel('Distance')
plt.show()
```
上述代码中,首先创建了一个样本数据集`X`,然后使用`linkage`函数对数据集进行层次聚类,指定了聚类方法为`single`,表示使用最近邻距离作为样本之间的距离度量。最后,使用`dendrogram`函数绘制了层次聚类的树状图。