16S rDNA怎么用R命令统计样品间（6个样本）共有的OTU数和特有的OTU数，然后绘制花瓣图方法加代码

要使用R命令统计样品间的共有OTU数和特有OTU数，可以使用phyloseq和vegan这两个R包。具体步骤如下：

1. 安装和加载必要的R包

install.packages("phyloseq")
install.packages("vegan")
library(phyloseq)
library(vegan)

2. 读取OTU表和分类信息表，并合并为phyloseq对象

otu_table <- read.table("otu_table.txt", header=TRUE, row.names=1, sep="\t") # 替换为你的OTU表文件名
tax_table <- read.table("taxonomy_table.txt", header=TRUE, row.names=1, sep="\t") # 替换为你的分类信息表文件名
physeq <- phyloseq(otu_table, tax_table)

3. 计算样品间的共有OTU数和特有OTU数

shared <- rarefy_even_depth(physeq)$phyloseq
otu_table_shared <- otu_table(shared)
rownames(otu_table_shared) <- NULL
shared_otus <- apply(otu_table_shared, 1, function(x) sum(x>0))
unique_otus <- apply(otu_table, 1, function(x) sum(x>0)) - shared_otus

4. 绘制花瓣图

otu_table_shared <- otu_table(shared)
rownames(otu_table_shared) <- NULL
tax_table_shared <- tax_table(shared)
otu_table_shared <- otu_table_shared[,order(colSums(otu_table_shared),decreasing=TRUE)]
tax_table_shared <- tax_table_shared[match(rownames(otu_table_shared), rownames(tax_table_shared)),]
pdf("venn_diagram.pdf")
venn(t(otu_table_shared), circle.col=c("skyblue", "pink", "orange", "green", "yellow", "purple"), alpha=c(0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5), lty="blank", border="gray", cex=2, fontface="bold", cat.fontface="bold", cat.cex=3, fill=c("cornsilk", "cornsilk", "cornsilk", "cornsilk", "cornsilk", "cornsilk"), cat.dist=0.07, cat.pos=c(-30,0,30,15,-15,-30), cat.col=c("blue", "red", "black", "darkgreen", "purple", "orange"), cat.fontfamily="serif", main="Venn diagram of shared and unique OTUs")
dev.off()

上述代码中，venn()函数用于绘制花瓣图，需要安装和加载vennDiagram包。其中，t(otu_table_shared)将共有OTU表转置，使每一列代表一个样品；circle.col指定每个圆圈的颜色；alpha指定圆圈的透明度；lty和border指定圆圈的线条类型和颜色；cex和fontface指定字体大小和字体样式；cat.fontface、cat.cex、cat.dist、cat.pos和cat.col指定标签的字体样式、大小、距离和颜色；fill指定每个区域的填充颜色；main指定图的标题。