以R中自带的ChicagoNMMAPS数据集为例,以温度为自变量,死亡数为因变量,其他变量作为混杂因素进行控制,建立DLNM模型,要如何建立,请提供代码
时间: 2024-01-12 21:03:08 浏览: 148
首先,你需要安装和加载 `dlnm` 包和 `mgcv` 包。然后,你可以按照以下步骤建立DLNM模型:
1. 加载数据集
```R
data(ChicagoNMMAPS)
```
2. 对数据进行预处理,包括对时间变量进行转换和缺失值的处理
```R
# 将时间变量转换为POSIXct格式
ChicagoNMMAPS$datetime <- as.POSIXct(paste(ChicagoNMMAPS$date, ChicagoNMMAPS$time),
format = "%m/%d/%Y %H:%M:%S", tz = "UTC")
# 处理缺失值
ChicagoNMMAPS <- na.omit(ChicagoNMMAPS)
```
3. 建立DLNM模型
```R
library(dlnm)
library(mgcv)
# 定义自变量和因变量
temp <- ChicagoNMMAPS$temp
deaths <- ChicagoNMMAPS$death
# 定义混杂因素
cbind(ChicagoNMMAPS$pm10, ChicagoNMMAPS$so2, ChicagoNMMAPS$o3)
# 定义时间变量
datetime <- as.numeric(ChicagoNMMAPS$datetime - min(ChicagoNMMAPS$datetime))
# 建立基于自然样条的DLNM模型
model <- gam(deaths ~ dlnm(temp, lag = 0, knots = 4) +
s(datetime, bs = "cr", k = 100) +
s(cbind(ChicagoNMMAPS$pm10, ChicagoNMMAPS$so2, ChicagoNMMAPS$o3)),
data = ChicagoNMMAPS, family = poisson())
```
在上述代码中,我们使用 `dlnm` 函数定义了温度作为自变量,并设置了 `lag` 参数为0以表示没有滞后效应,设置了 `knots` 参数为4以表示使用4个节点来拟合温度的非线性效应。我们还使用 `s` 函数定义了时间变量和混杂因素,并将它们作为模型的附加项。最后,我们使用 `gam` 函数建立了一个基于自然样条的DLNM模型,使用泊松回归来拟合因变量的计数数据。
请注意,这只是一个简单的例子,建立DLNM模型需要根据具体情况进行调整。
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