bmi_exp_dat_clumped<-read_exposure_data(filename = bmi,sep = ",",snp_col = "ID",p_col = "p",se_col = "SE",effect_allele_col = "alt",other_allele_col = "ref",clump = TRUE)

这行代码的作用是读取一个名为 "bmi" 的数据文件，其中包含SNP ID、p值、SE、效应等位基因和其它等位基因等信息，并进行数据聚类（clump），生成一个新的数据集 "bmi_exp_dat_clumped"。其中，参数 "sep" 表示数据文件中列之间的分隔符为逗号（","），"snp_col" 表示SNP ID所在的列，"p_col" 表示p值所在的列，"se_col" 表示SE所在的列，"effect_allele_col" 表示效应等位基因所在的列，"other_allele_col" 表示另一等位基因所在的列。

相关问题

exposure_dat <- ld_clump_local( + dat = df1, + clump_kb = 500, + clump_r2 = 0.2, + clump_p = 1e-5, + bfile = "D:/R-language/MR代码/课题组数据/g1000_eas", + plink_bin = "D:/R-language/R-4.2.2/library/plinkbinr/bin/plink_Windows.exe" + ) PLINK v1.90b6.10 64-bit (17 Jun 2019) www.cog-genomics.org/plink/1.9/ (C) 2005-2019 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3 Logging to C:\Users\86131\AppData\Local\Temp\Rtmp8kX5Lf\file3e5474b5111.log. Options in effect: --bfile D:/R-language/MR����/����������/g1000_eas --clump C:\Users\86131\AppData\Local\Temp\Rtmp8kX5Lf\file3e5474b5111 --clump-kb 500 --clump-p1 1e-05 --clump-r2 0.2 --out C:\Users\86131\AppData\Local\Temp\Rtmp8kX5Lf\file3e5474b5111 14188 MB RAM detected; reserving 7094 MB for main workspace. Allocated 5320 MB successfully, after larger attempt(s) failed. Error: Failed to open D:/R-language/MR����/����������/g1000_eas.bed. Error in file(file, "rt") : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(file, "rt") : cannot open file 'C:\Users\86131\AppData\Local\Temp\Rtmp8kX5Lf\file3e5474b5111.clumped': No such file or directory

It seems like there is an error in the code related to file paths. Specifically, the error message says that the program failed to open the file "D:/R-language/MR����/����������/g1000_eas.bed". This could be due to incorrect file path or missing file. Additionally, there is a warning message that says "cannot open file 'C:\Users\86131\AppData\Local\Temp\Rtmp8kX5Lf\file3e5474b5111.clumped': No such file or directory". This could be due to the program not finding the output file at the specified location.

在R语言中，执行eval函数时遇到错误：'找不到对象'exposure_dat_clumped'，如何解决这个问题？

在R语言中，当你尝试通过`eval()`函数访问名为`exposure_dat_clumped`的对象，却收到"找不到对象"的错误，这通常意味着你在当前环境中并没有定义这个变量或者数据框。这里有几个步骤可以帮你解决问题：

1. **检查拼写**：确保你在`eval()`函数中输入的对象名(`exposure_dat_clumped`)与实际变量名完全一致，包括大小写。

2. **查看环境**：使用`ls()`或`envir()`函数检查当前工作环境（如全局环境、局部环境等），看看`exposure_dat_clumped`是否真的存在。

   ls()
   envir()

3. **加载数据**：如果你的数据存储在一个外部文件中（比如.RData文件或数据框），先确保已经成功加载到环境中。

   load("your_file.RData")  # 如果是.RData文件
   data(exposure_dat_clumped)  # 如果是在某个包中的数据

4. **引用对象**：如果`exposure_dat_clumped`是一个函数或者表达式的结果，确认你之前的操作已经生成了它。

5. **上下文错误**：有时候，eval()可能会因为操作在错误的上下文中执行而失败，确认你的`eval()`调用是在正确的上下文中。

6. **检查是否有误拼或缺失括号**：如果`exposure_dat_clumped`是一个复杂表达式，检查有没有遗漏括号或逗号。

如果以上步骤都无法解决问题，可能是你忘记赋值给这个变量，或者变量在其他地方被删除了。如果还是无法确定原因，提供更具体的错误信息会更有帮助。