NotImplementedError: No EMT-potential for Fe，from ase import io from ase.calculators.emt import EMT from ase.optimize import BFGS # 读取分子文件 m1 = io.read("POSCAR1") m2 = io.read("POSCAR2") # 重新确定原子之间的连接方式 m1.set_calculator(EMT()) m2.set_calculator(EMT()) optimizer = BFGS(m1) optimizer.run(fmax=0.01) optimizer = BFGS(m2) optimizer.run(fmax=0.01) # 检查分子之间的差异性 if not m1.compare(m2): # 如果分子之间存在差异性，则修正分子的连接方式 m1.fix_bonds(m2.get_bonds()) # 计算 RMSD 值 rmsd = m1.get_rmsd(m2) print(rmsd)

这个错误是由于 ASE 中的 EMT 计算器不支持 Fe 元素。您可以使用其他的计算器来计算 Fe 分子的能量，比如 Lennard-Jones 势能计算器（LJ）。以下是使用 LJ 计算器计算 Fe 分子能量和 RMSD 的示例代码：

from ase import io
from ase.calculators.lennardjones import LennardJones
from ase.optimize import BFGS

# 读取分子文件
m1 = io.read("POSCAR1")
m2 = io.read("POSCAR2")

# 重新确定原子之间的连接方式
lj_calculator = LennardJones()
m1.set_calculator(lj_calculator)
m2.set_calculator(lj_calculator)

optimizer = BFGS(m1)
optimizer.run(fmax=0.01)
optimizer = BFGS(m2)
optimizer.run(fmax=0.01)

# 检查分子之间的差异性
if not m1.compare(m2):
    # 如果分子之间存在差异性，则修正分子的连接方式
    m1.fix_bonds(m2.get_bonds())

# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.get_rms(m2)

print(rmsd)

在这个修改后的代码中，我们使用 Lennard-Jones 计算器来计算 Fe 分子的能量。然后使用优化算法（这里使用 BFGS 算法）重新确定原子之间的连接方式。然后使用 `compare` 方法检查两个分子之间的差异性。如果存在差异性，则使用 `fix_bonds` 方法修正分子的连接方式。最后，计算 RMSD 值。注意，这里的 `get_rms` 方法是 ASE 中计算 RMSD 值的方法。