写一个python代码通过全基因组和注释文件筛选每个基因对应的最长转录本

以下是 Python 代码实现的示例：

# 导入必要的库
import pandas as pd

# 读取全基因组文件和注释文件，例如：
genome_file = 'genome.fasta'
annot_file = 'annotation.gff3'
genome = open(genome_file, 'r').read()
annot = pd.read_csv(annot_file, sep='\t', header=None, comment='#')

# 筛选出所有基因的注释
gene_annot = annot[annot[2] == 'gene']
gene_annot.columns = ['seqid', 'source', 'type', 'start', 'end', 'score', 'strand', 'phase', 'attributes']

# 遍历每个基因，找到对应的最长转录本
for gene in gene_annot.itertuples():
    start = gene.start
    end = gene.end
    transcripts = annot[(annot[2] == 'mRNA') & (annot[0] == gene.seqid) & (annot[3] >= start) & (annot[4] <= end)]
    if not transcripts.empty:
        longest_transcript = transcripts.loc[transcripts[4].idxmax()]
        print(longest_transcript.attributes)
    else:
        print('No transcripts found for gene', gene.attributes['ID'])

此代码将在控制台输出每个基因对应的最长转录本的属性。此示例仅供参考，具体实现可能因数据和注释格式而异。