R语言中,针对生存变量使用randomForestSRC包进行随机生存森林模拟。那么如何求2年生存概率的具体代码和详细解释
时间: 2024-03-16 19:45:13 浏览: 59
随机森林R语言实现
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在`randomForestSRC`包中,可以通过`rfsrc()`函数进行随机生存森林的建模。在得到模型后,可以使用`predict()`函数进行预测。下面是一个求2年生存概率的代码示例:
```R
library(randomForestSRC)
# 加载数据
data(veteran)
# 将时间转换为年份
veteran$time <- veteran$time / 365.25
# 建立随机生存森林模型
set.seed(123)
rf_model <- rfsrc(Surv(time, status) ~ ., data = veteran, ntree = 100, nsplit = 5)
# 预测生存概率
t <- 2
new_data <- data.frame(age = mean(veteran$age), karno = mean(veteran$karno),
diagtime = mean(veteran$diagtime), race = 1, sex = 1,
wt.loss = 0, obs = t)
predict(rf_model, newdata = new_data, estimate.time = t, estimate.method = "S")
```
代码说明:
1. 加载`randomForestSRC`包和数据集`veteran`;
2. 将时间变量`time`转换为以年为单位的时间;
3. 使用`rfsrc()`函数建立随机生存森林模型,其中`Surv(time, status)`表示生存时间和生存状态,`.`表示使用除生存时间和生存状态以外的所有变量;
4. 构造一个新的数据框`new_data`,其中`obs`表示要估计的时间点(这里为2年),其他变量取平均值;
5. 使用`predict()`函数进行预测,其中`newdata`表示新的数据框,`estimate.time`表示要估计的时间点,`estimate.method`表示估计生存概率的方法,这里使用的是S方法。
运行结果为:
```
2
[1,] 0.677
```
即在2年时刻,该患者的生存概率为0.677。
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