请帮我写一段批量构建基因树的shell代码

好的，以下是一段批量构建基因树的 shell 代码：

#!/bin/bash

# 定义输入文件夹和输出文件夹
input_folder="input_folder"
output_folder="output_folder"

# 创建输出文件夹
mkdir -p "$output_folder"

# 遍历输入文件夹中的所有 FASTA 文件
for file in "$input_folder"/*.fasta; do
  # 提取文件名（不含后缀）
  name=$(basename "$file" .fasta)

  # 构建基因树
  muscle -in "$file" -out "$output_folder/$name.aln"
  iqtree -s "$output_folder/$name.aln" -m MFP -bb 1000 -nt 4 -pre "$output_folder/$name"
done

以上代码做了以下几件事情：

1. 定义输入文件夹和输出文件夹的变量。
2. 创建输出文件夹。
3. 使用 `for` 循环遍历输入文件夹中的所有 `.fasta` 文件。
4. 使用 `basename` 命令提取文件名（不含后缀）。
5. 使用 `muscle` 命令构建多序列比对。
6. 使用 `iqtree` 命令构建基因树。
7. 在构建基因树时使用了 `-m MFP` 选项表示使用最大似然法，并使用了 `-bb 1000` 选项表示进行 1000 次 bootstrap 检验，使用了 `-nt 4` 选项表示使用 4 个线程加速计算，使用了 `-pre` 选项指定输出文件名前缀。

请注意，以上代码只是一个简单的示例，实际使用时需要根据具体情况进行修改。