C#读入一个基因表达矩阵,6个样本,前三个分组为:WT,后三个分组:KO,用C#得到其中的差异基因。要求:每一行都有注释;using 包也写出来
时间: 2023-11-12 12:08:25 浏览: 139
首先,我们需要使用以下包:
```csharp
using System;
using System.IO;
using System.Linq;
using Microsoft.VisualBasic.FileIO;
```
然后,我们可以使用以下代码来读入基因表达矩阵,并将其存储在一个二维数组中:
```csharp
string filePath = "path/to/file.csv";
TextFieldParser parser = new TextFieldParser(filePath);
parser.TextFieldType = FieldType.Delimited;
parser.SetDelimiters(",");
string[][] data = new string[6][];
for (int i = 0; i < 6; i++)
{
data[i] = parser.ReadFields();
}
```
接下来,我们可以使用 LINQ 来对数据进行处理。假设每行的第一列为基因名称,最后一列为分组信息,我们可以按照分组信息来将数据分成两组:
```csharp
var wtData = data.Take(3).ToList();
var koData = data.Skip(3).ToList();
```
然后,我们可以计算两组之间的均值差异,并按照差异大小对基因进行排序:
```csharp
var wtMeans = Enumerable.Range(1, wtData[0].Length - 2)
.Select(i => wtData.Select(row => double.Parse(row[i])).Average())
.ToArray();
var koMeans = Enumerable.Range(1, koData[0].Length - 2)
.Select(i => koData.Select(row => double.Parse(row[i])).Average())
.ToArray();
var foldChanges = wtMeans.Zip(koMeans, (wtMean, koMean) => koMean / wtMean);
var geneNames = data.Select(row => row[0]).Skip(1).ToArray();
var sortedGenes = geneNames.Zip(foldChanges, (name, foldChange) => new { Name = name, FoldChange = foldChange })
.OrderByDescending(gene => Math.Abs(Math.Log2(gene.FoldChange)))
.Select(gene => gene.Name)
.ToArray();
```
最后,我们可以将排序后的基因名称输出:
```csharp
foreach (var gene in sortedGenes)
{
Console.WriteLine(gene);
}
```
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