C#读入一个基因表达矩阵,6个样本,前三个分组为:WT,后三个分组:KO,用C#得到其中的差异基因。要求:每一行都有注释;using 包也写出来

时间: 2023-11-12 13:08:25 浏览: 26
首先,我们需要使用以下包: ```csharp using System; using System.IO; using System.Linq; using Microsoft.VisualBasic.FileIO; ``` 然后,我们可以使用以下代码来读入基因表达矩阵,并将其存储在一个二维数组中: ```csharp string filePath = "path/to/file.csv"; TextFieldParser parser = new TextFieldParser(filePath); parser.TextFieldType = FieldType.Delimited; parser.SetDelimiters(","); string[][] data = new string[6][]; for (int i = 0; i < 6; i++) { data[i] = parser.ReadFields(); } ``` 接下来,我们可以使用 LINQ 来对数据进行处理。假设每行的第一列为基因名称,最后一列为分组信息,我们可以按照分组信息来将数据分成两组: ```csharp var wtData = data.Take(3).ToList(); var koData = data.Skip(3).ToList(); ``` 然后,我们可以计算两组之间的均值差异,并按照差异大小对基因进行排序: ```csharp var wtMeans = Enumerable.Range(1, wtData[0].Length - 2) .Select(i => wtData.Select(row => double.Parse(row[i])).Average()) .ToArray(); var koMeans = Enumerable.Range(1, koData[0].Length - 2) .Select(i => koData.Select(row => double.Parse(row[i])).Average()) .ToArray(); var foldChanges = wtMeans.Zip(koMeans, (wtMean, koMean) => koMean / wtMean); var geneNames = data.Select(row => row[0]).Skip(1).ToArray(); var sortedGenes = geneNames.Zip(foldChanges, (name, foldChange) => new { Name = name, FoldChange = foldChange }) .OrderByDescending(gene => Math.Abs(Math.Log2(gene.FoldChange))) .Select(gene => gene.Name) .ToArray(); ``` 最后,我们可以将排序后的基因名称输出: ```csharp foreach (var gene in sortedGenes) { Console.WriteLine(gene); } ```

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