CCLE数据库使用教程.pptx
【CCLE数据库】全称为“Cancer Cell Line Encyclopedia”,即癌症细胞系百科全书,是由美国Broad研究所、Dana-Farber癌症研究所和Novartis生物医学研究所等多个机构合作完成的项目。该项目对947种来自30多种组织的人类癌细胞系进行了大规模深度测序,整合了DNA突变、基因表达、染色体拷贝数等多种遗传信息,旨在深入理解癌细胞的遗传特性。随着技术的发展,2019年5月,CCLE数据库进行了更新,增加了更多细胞系的新一代遗传数据,如突变、RNA剪接、DNA甲基化、组蛋白修饰、microRNA表达和蛋白质表达等。 **CCLE数据库特色功能:** 1. **基因表达数据可视化**:支持以条形图、散点图等形式展示基因表达数据,并可与其他数据进行比较。 2. **多种检测方法**:包括拷贝数(COPY Number)、mRNA表达(Affy)、反相蛋白阵列(RPPA)、限制性内切酶-重亚硫酸盐靶向测序(RRBS)和RNA测序(RNAseq)等。 3. **基因甲基化分析**:通过气泡图展现不同细胞系间的甲基化差异。 4. **突变数据**:提供单个细胞系的突变数据在线查看和下载服务。 5. **在线制图工具**:使用Plotly Chart Studio,用户可以在线绘制和分析各类图表。 6. **数据下载**:登录后,用户可以查看和下载感兴趣的细胞系或基因组相关数据。 **应用实例**: CCLE数据库为研究癌症机制、药物研发和精准医学提供了有力工具。通过分析基因在细胞系中的表达、突变、拷贝数和甲基化等信息,科研人员可以更深入地了解癌症的发生和发展过程。同时,CCLE数据与癌症基因组图谱(TCGA)高度互补,进一步增强癌症研究的深度和广度。 **使用指南**: - 访问网址:https://portals.broadinstitute.org/ccle - 关于界面:提供CCLE的总体信息和统计。 - 数据查看:点击“About”可了解数据库概况;点击“Data”需登录以查看和下载数据。 - 图表制作:使用Plotly Chart Studio在线绘制图表,可自定义去除NA数据,保存图表需登录。 - 登录/注册:新用户可以注册,选择“Remember me”选项以便下次自动登录。 CCLE数据库的定期更新确保了数据的时效性和准确性,为全球癌症研究者提供了宝贵的资源,推动了癌症研究领域的进步。其丰富的数据集和便捷的分析工具使得研究人员能够更有效地探索癌症的复杂性,并为新的治疗策略提供理论依据。