P1 <- list( c("1", "2"),c("1", "3"),c("1", "4") )#指定你想要比较的组(这里是“dose”变量之间的两两比较) ggviolin(data,x="GROUP", y="L84", color = "GROUP", fill="GROUP", palette =c("#B3CDE3","#DECBE4","#394955","#A68998"),#设置颜色 add = "boxplot",#添加箱线图 add.params = list(color="white"),#设置箱线图填充颜色 xlab = F, #不显示x轴的标签 legend = "right")+ #添加两两比较的P stat_compare_means(comparisons = P1, label ="p.signif", label.y = (0.8, 0.75, 0.7))+ stat_compare_means(method = "anova",label.y = 0.9) # 添加全局Anova分析的P

时间: 2023-12-05 07:03:48 浏览: 39
这段代码使用了ggviolin函数绘制小提琴图,并且添加了箱线图和两两比较的p值。其中,指定了比较的组为P1,设置了颜色和填充颜色,不显示x轴标签,添加了全局Anova分析的p值。具体来说,comparisons参数用于指定要比较的组,label参数用于指定p值标签的位置,label.y参数用于指定p值标签的y轴位置。方法为anova表示进行全局Anova分析。
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使用 p1 <- fviz_dist(dist_obs, gradient = list(low = "#00AFBB", mid = "white", high = "#FC4E07"))来 绘制观测值距离图后,如何在距离图上画出分层聚类的树状图。请给出代码

可以使用 `hclust()` 函数进行分层聚类,然后使用 `fviz_dend()` 函数来可视化树状图并将其添加到距离图中。以下是一个示例代码: ``` library(factoextra) # 生成一个数据集 data(iris) df <- iris[,1:4] # 计算距离矩阵 dist_obs <- dist(df) # 进行分层聚类 hc <- hclust(dist_obs, method = "ward.D2") # 将树状图添加到距离图中 p1 <- fviz_dist(dist_obs, gradient = list(low = "#00AFBB", mid = "white", high = "#FC4E07")) p2 <- fviz_dend(hc, k = 3, cex = 0.5, k_colors = c("#2E9FDF", "#00AFBB", "#E7B800")) p3 <- p1 + p2 # 显示距离图和树状图 print(p3) ``` 在上面的代码中,`hclust()` 函数使用“ward.D2”方法进行分层聚类,该方法最小化聚类内平方和的增量。`fviz_dend()` 函数将树状图可视化为三个聚类,并使用 `k_colors` 参数为每个聚类指定颜色。`fviz_dist()` 和 `fviz_dend()` 函数的输出都是 ggplot2 对象,因此可以直接使用加法操作符将它们组合在一起。最后,使用 `print()` 函数将距离图和树状图显示在一起。

P1 <- list( c("1", "2"),c("1", "3"),c("1", "4") )#指定你想要比较的组(这里是“dose”变量之间的两两比较) ggviolin(data,x="GROUP", y="L84", color = "GROUP", fill="GROUP", palette =c("#B3CDE3","#DECBE4","#394955","#A68998"),#设置颜色 add = "boxplot",#添加箱线图 add.params = list(color="white"),#设置箱线图填充颜色 xlab = F, #不显示x轴的标签 legend = "right") #添加两两比较的P stat_compare_means(comparisons = P1, label.y = c(0.8, 0.7, 0.5))+ stat_compare_means(label.y = 0.9) # 添加全局Anova分析的P

这段代码使用了ggplot2包绘制小提琴图,并且添加了箱线图和两两比较的P值。其中,P1是一个列表,包含了要比较的组合。ggviolin函数中的参数设置了x轴为GROUP,y轴为L84,颜色为GROUP,填充色为四种指定颜色的调色板。add参数指定添加箱线图,add.params参数指定箱线图填充颜色为白色。xlab参数设置不显示x轴标签,legend参数设置图例显示在右侧。stat_compare_means函数用于添加两两比较的P值,comparisons参数指定要比较的组合,label.y参数设置P值显示的y轴位置。最后一行代码使用了stat_compare_means函数添加全局Anova分析的P值。

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