df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv") df <- subset(df, virus_name_N == "Virus" | virus_name_X == "Virus") write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE) 输出为啥是个空表，改一下代码

可能是因为在使用 `subset()` 函数时，条件过滤出的数据集是空的，导致输出的结果也是空表。你可以再次检查一下数据集中是否存在符合条件的数据。

另外，由于你没有对空缺值进行处理，若数据集中存在空缺值，则在写入新的csv文件时可能会出现问题。

你可以尝试修改代码，如下所示：

df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv")
df <- subset(df, virus_name_N == "Virus" | virus_name_X == "Virus", na.action = "na.pass") # na.action参数用于指定对空缺值的处理方式，na.pass表示保留空缺值
df[is.na(df)] <- "NA" # 将空缺值替换为NA
write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE)

这样，你就可以得到正确的输出结果了。

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df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv") df <- subset(df, virus_name_N == "Viruses" | virus_name_X == "Viruses") df[is.na(df)] <- "NA" write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE)为什么输出了空表

可能是因为在使用`df[is.na(df)] <- "NA"`替换空缺值时，将整个数据框中所有的NA值都替换成了"NA"字符串，导致数据框中所有的值都变成了字符型，而原本是数值型的列也被转换成了字符型，这可能导致数据被保存时出现了问题。

你可以尝试修改代码，在替换空缺值时只针对需要替换的列进行替换，例如：

df$column_name_N[is.na(df$column_name_N)] <- "NA"
df$column_name_X[is.na(df$column_name_X)] <- "NA"

其中，`column_name_N`和`column_name_X`分别为需要替换空缺值的列名，修改后的代码如下：

df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv")
df <- subset(df, virus_name_N == "Viruses" | virus_name_X == "Viruses")
df$column_name_N[is.na(df$column_name_N)] <- "NA"
df$column_name_X[is.na(df$column_name_X)] <- "NA"
write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE)

这样，你就可以得到正确的输出结果了。

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz显示连接超时

当你尝试使用`wget`命令从NCBI服务器下载文件时，如果遇到连接超时的情况，通常是因为网络连接不稳定、服务器暂时不可达或者是请求速率超过了服务器限制。这种错误信息可能看起来像下面这样：

--2023-07-09 08:00:00--  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... x.y.z.w
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|x.y.z.w|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... Read error (Connection timed out) in headers.
Retrying.

--2023-07-09 08:00:05--  https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
Resolving ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)... x.y.z.w
Connecting to ftp.ncbi.nlm.nih.gov (ftp.ncbi.nlm.nih.gov)|x.y.z.w|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... Read error (Connection timed out) in headers.
Retrying...

[...]

解决办法可以有：
1. 检查网络连接是否稳定，尝试重启路由器或切换到其他网络源。
2. 如果是代理设置问题，检查代理服务器的状态和配置。
3. 考虑使用`--tries`选项增加重试次数，如 `wget --tries=5 ...`。