读每条蛋白序列的Description,提取每条蛋白序列的位置信息,生成新的位置文件。 比如第一条蛋白的id和Description部分, >AT1G31380.1 | Symbols: no symbol available | no full name available | chr1:11240451-11241099 REVERSE LENGTH=175 将11240451和11241099提取出来,作为这条蛋白的起始和终止位置。 生成如下形式的位置文件,名为At.gff.txt,其中4列数据均用Tab键分开。 AT1 AT1G31380.1 11240451 11241099 …………………… AT2 AT2G××××.× ××××××× ×××××××× …………………… …………………… AT5 AT5G××××.× ××××××× ××××××××
时间: 2024-01-19 21:03:23 浏览: 60
好的,您的要求已经记录下来了,我会尽力回答您的问题。对于您的问题,我可以为您解释如下:
您的要求是读取每条蛋白序列的Description,提取其中的位置信息,生成新的位置文件。您给出的例子中,每条蛋白序列的位置信息都包含在Description中,用“chr1:11240451-11241099”表示。您需要将这个信息提取出来,作为蛋白序列的起始和终止位置,并将这些位置信息保存到一个名为At.gff.txt的文件中。文件中每行包含4列数据,分别是染色体编号、蛋白序列的ID、蛋白序列的起始位置和终止位置。
为了实现这个要求,您需要编写一个程序,可以使用Python或者其他编程语言实现。程序的大致流程如下:
1. 读取原始序列文件,可以使用BioPython库读取FASTA格式的文件。
2. 对于每个序列,提取其中的Description信息,其中包含蛋白序列的位置信息。
3. 解析位置信息,提取蛋白序列的起始和终止位置。
4. 将位置信息保存到At.gff.txt文件中,每行包含4列数据,分别是染色体编号、蛋白序列的ID、蛋白序列的起始位置和终止位置。
下面是一个Python示例程序,可以实现您的要求:
```python
from Bio import SeqIO
# 打开原始序列文件
with open("sequences.fasta", "r") as f:
# 遍历每个序列
for record in SeqIO.parse(f, "fasta"):
# 提取Description信息
description = record.description
# 解析位置信息
position = description.split(" ")[-1]
chromosome, start, end = position.split(":")[0], position.split(":")[1].split("-")[0], position.split(":")[1].split("-")[1]
# 保存位置信息到文件
with open("At.gff.txt", "a") as out:
out.write(f"{chromosome}\t{record.id}\t{start}\t{end}\n")
```
这个程序可以读取名为“sequences.fasta”的文件,遍历其中的每个序列,提取Description信息,并解析出蛋白序列的起始和终止位置。然后将位置信息保存到名为“At.gff.txt”的文件中。程序使用了BioPython库来读取FASTA文件,并处理蛋白序列的信息。
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