STAR ChIP-seq

STAR ChIP-seq是一种常用的转录组分析技术，全称是Single Molecule Real-Time (SMART) Chip-sequencing，用于研究蛋白质与基因组结合位点（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）。该技术主要用于检测特定蛋白质与DNA之间的相互作用，如 transcription factors（转录因子）、histones（组蛋白修饰）或其他细胞调控因子。

STAR ChIP-seq过程主要包括以下几个步骤：
1. **免疫沉淀**（Immunoprecipitation，IP）：通过抗体特异性地捕获含有目标蛋白质的染色质片段。
2. **断裂**（Digestion）：使用核酸酶将免疫复合物中的DNA切成小片段。
3. **接头连接**（Library Preparation）：利用高通量测序平台所使用的适应性接头，将打断的DNA片段连接到 sequencing adaptors上，并添加PCR标签。
4. **文库质量控制**：对样本进行质检，确保文库构建质量和大小分布正常。
5. **测序**：进行高深度的单分子实时测序，产生大量的短读段（reads）。
6. **数据分析**：利用比对软件（如STAR）将测序数据比对到参考基因组，识别出富集区域（peak calling），从而确定蛋白质结合位点。