基于python的卡方检验代码

以下是基于Python的卡方检验代码：

import numpy as np
from scipy.stats import chi2

def chi_square_test(observed_values, expected_values):
    """
    :param observed_values: 观测值数组
    :param expected_values: 期望值数组
    :return: 卡方值和p值
    """
    # 确定自由度
    df = len(observed_values) - 1
    # 计算卡方值
    chi2_val = np.sum((observed_values - expected_values) ** 2 / expected_values)
    # 计算p值
    p_val = 1 - chi2.cdf(chi2_val, df)
    return chi2_val, p_val

其中，`observed_values`是观测值数组，`expected_values`是期望值数组。可以使用该函数进行卡方检验并得到卡方值和p值。注意，该函数使用了NumPy和SciPy库，需要提前安装。

相关问题

正态分布假设的卡方检验python代码实现

正态分布假设的卡方检验通常用于验证数据是否服从正态分布。在Python中，我们可以使用`scipy.stats`库中的`chi2`模块来进行卡方检验。这里是一个简单的例子：

from scipy.stats import chi2, norm
import numpy as np

# 假设我们有一些观测值data
data = [random.randn() for _ in range(100)]  # 这里用numpy生成一些随机数作为示例

# 计算样本均值和标准差
sample_mean = np.mean(data)
sample_std_dev = np.std(data)

# 对应于正态分布的理论期望值
expected_values = [sample_mean + i * sample_std_dev for i in range(-3, 4)]

# 计算每个区间内的观察值与期望值之差的平方，除以期望值
observed_counts, expected_counts = np.histogram(data, bins=7, density=True)  # 假设我们有7个等宽区间
chi_square_statistic = sum((observed_counts - expected_counts)**2 / expected_counts)

# 使用chi2_contingency函数计算卡方统计量和p值
chi_square, p_value, degrees_of_freedom, expected_counts = chi2 contingency(observed_counts)

print(f"Chi-square statistic: {chi_square}")
print(f"P-value: {p_value}")

在这个例子中，我们首先假设数据服从正态分布，并创建了一个小的随机样本。接着，我们将数据分到几个区间，计算每个区间的实际观察次数和预期次数（基于正态分布）。然后，我们计算卡方统计量并获取P值。如果P值大于显著性水平（如0.05），则拒绝原假设，即认为数据不服从正态分布。

python 基于医学临床特征，用卡方检验筛选临床特征，请给出完整代码

卡方检验是一种统计学方法，用于研究两个分类变量之间是否独立。在Python中，我们可以使用`scipy`库中的`chi2_contingency`函数来进行卡方检验。以下是一个基于医学临床特征使用卡方检验筛选临床特征的示例代码：

import numpy as np
from scipy.stats import chi2_contingency

# 假设我们有一组临床数据，其中包含两个特征：'Feature1' 和 'Feature2'，以及目标变量 'Target'
# 这里我们用随机数来模拟这些数据
np.random.seed(0)
data = {
    'Feature1': np.random.choice(['Yes', 'No'], size=100),
    'Feature2': np.random.choice(['High', 'Low'], size=100),
    'Target': np.random.choice(['Disease', 'Healthy'], size=100)
}

# 计算每个特征与目标变量的交叉表（contingency table）
def calculate_contingency_table(feature, target):
    cross_tab = np.array([np.array(list(x)) for x in zip(feature, target)]).T
    return np.array([cross_tab[0], cross_tab[1]]).T

# 进行卡方检验并输出结果
def chi_squared_test(cross_tab):
    chi2, p, dof, expected = chi2_contingency(cross_tab)
    print(f"Chi2: {chi2}")
    print(f"P-value: {p}")
    print(f"Degrees of Freedom: {dof}")
    print("Expected Table:\n", expected)

# 例如，我们可以对Feature1和Target进行卡方检验
feature1_cross_tab = calculate_contingency_table(data['Feature1'], data['Target'])
chi_squared_test(feature1_cross_tab)

# 同理，也可以对Feature2和Target进行卡方检验
feature2_cross_tab = calculate_contingency_table(data['Feature2'], data['Target'])
chi_squared_test(feature2_cross_tab)

# 根据p值来判断特征是否与目标变量独立，通常p值小于0.05则认为两个变量不是独立的

在实际应用中，你会需要替换模拟数据部分，使用真实医学数据中的临床特征。卡方检验的`p`值可以帮助我们判断两个分类变量之间是否有统计学上的关联性。如果`p`值小于某个阈值（例如0.05），则我们拒绝原假设（两个变量独立），认为这两个变量是有关联的。

在使用卡方检验时需要注意，它只适用于足够大的样本量，且数据中的期望频数不应太小。如果频数太小，可能需要使用其他统计方法。