sam文件示例

下面是一个SAM文件的示例：

@HD	VN:1.0	SO:coordinate
@SQ	SN:chr1	LN:248956422
@SQ	SN:chr2	LN:242193529
@RG	ID:sample1	PL:illumina	SM:sample1	LB:library1
@PG	ID:bwa	PN:bwa	VN:0.7.17-r1188	CL:bwa mem -t 4 ref.fa read1.fq read2.fq
read1	99	chr1	1000	60	76M	=	1050	126	GCCTAAAGCTGGTGTCCAGGTTCTCTTTCTCTGTCTGATGACAGCGCCTAGCCACAGGTGGTCAGTGCAGAGT	~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~	NM:i:0	MD:Z:76	AS:i:76	XS:i:0
read2	147	chr1	1050	60	76M	=	1000	-126	TCTGCACTGACCACCTGTGGCTAGGCGCTGTCATCAGACAGAGAAAGAGAACCTGGACACCAGCTTTAGGCTGC	~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~	NM:i:0	MD:Z:76	AS:i:76	XS:i:0

该SAM文件包含了三个header记录和两个alignment记录。第一行是文件头的版本号和排序方式。接下来两行是参考序列（chr1和chr2）的描述。第四行是一个ReadGroup的描述，包括了该样本的ID、测序平台、样本名称和文库名称。最后一行是两个比对记录，包括了比对的read名称、比对得分、比对到的参考序列名称、比对到的参考序列的起始位置、比对得分和比对的序列等信息。