loompy.create
时间: 2024-02-15 15:00:11 浏览: 169
`loompy.create`是一个函数,用于创建一个新的Loom文件。Loom文件是一种用于存储大规模单细胞RNA测序数据的文件格式。该函数的语法如下:
```python
lp.create(filename, matrix, row_attrs=None, col_attrs=None)
```
参数说明:
- `filename`:要创建的Loom文件的名称。
- `matrix`:包含单细胞RNA测序数据的矩阵。
- `row_attrs`:行属性,可选参数,用于存储每个细胞的元数据。
- `col_attrs`:列属性,可选参数,用于存储每个基因的元数据。
以下是一个示例代码,演示如何使用`loompy.create`函数创建一个Loom文件:
```python
import loompy
# 创建一个包含单细胞RNA测序数据的矩阵
matrix = [[1, 2, 3], [4, 5, 6], [7, 8, 9]]
# 创建一个包含细胞元数据的字典
row_attrs = {
"cell_id": ["cell1", "cell2", "cell3"],
"cell_type": ["type1", "type2", "type3"]
}
# 创建一个包含基因元数据的字典
col_attrs = {
"gene_id": ["gene1", "gene2", "gene3"],
"gene_name": ["name1", "name2", "name3"]
}
# 创建Loom文件
lp.create("example.loom", matrix, row_attrs, col_attrs)
```
这将创建一个名为`example.loom`的Loom文件,其中包含了单细胞RNA测序数据、细胞元数据和基因元数据。
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