all_species_name = [re.findall(r'(.*?)_human.*?',s)[0] for s in os.listdir(os.path.join(file2_path,'human_gtf_1'))]这句代码什么意思
时间: 2023-06-09 19:01:58 浏览: 103
这段代码是用来获取一个文件夹中所有以_human开头的文件的文件名中第一个下划线前面的部分,用于命名物种的名称。具体实现是通过os模块的listdir函数获取文件夹下所有文件的文件名,再通过正则表达式提取需要的部分。
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>>> for filename in os.listdir(gene_tree_folder): ... # 获取基因树文件路径 ... gene_tree_file = os.path.join(gene_tree_folder, filename) ... # 读取基因树文件 ... with open(gene_tree_file, 'r') as f: ... gene_tree = f.readlines() ... # 读取物种树文件 ... with open(species_tree_file, 'r') as f: ... species_tree = f.readlines() ... # 重排基因树分支顺序 ... reordered_gene_tree = reorder_gene_tree(gene_tree, species_tree) ... # 构造输出文件路径 ... output_file = os.path.join(output_folder, filename) ... # 将重排后的基因树保存到文件 ... with open(output_file, 'w') as f: ... f.writelines(reordered_gene_tree) ... print("基因树文件", filename, "重排完成,结 果已保存至", output_file) ... Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 11, in <module> File "<stdin>", line 6, in reorder_gene_tree TypeError: 'NoneType' object is not iterable
抱歉,出现了一个错误。看起来在 `reorder_gene_tree` 函数中出现了问题,导致返回了 `None` 值,而不是预期的基因树列表。
请确保在 `get_species_order` 函数中正确实现了获取物种树分支顺序的代码逻辑。如果你已经实现了该函数,请检查是否正确返回了物种树分支顺序的列表。
另外,请确保你使用的是正确的物种树文件路径。在每次循环中,应该使用对应的基因树文件和物种树文件。
如果你需要进一步的帮助,请提供 `get_species_order` 函数的代码片段,以便我可以更好地理解问题所在。
from PIL import Image import os import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt image_directory = './lty/bird-species/valid/AMERICAN BITTERN' img_size = 224 images = [] for filename in os.listdir(image_directory): path = os.path.join(image_directory, filename) img = Image.open(path) img = img.resize((img_size, img_size)) images.append(img) images = np.array([np.array(img) for img in images]) images = images / 255.0 predictions = model.predict(images) # Select image to display img_index = 0 # Get predicted class label class_label = np.argmax(predictions[img_index]) # Display image and predicted class label plt.imshow(images[img_index]) plt.axis('off') plt.title('Predicted class: ' + str(class_label)) plt.show()什么意思
这段代码是一个用于图像分类的机器学习程序,它使用了Python中的PIL库、numpy库和matplotlib库。程序读取一个指定目录下的一系列图片,并将它们的大小都调整为224x224像素。接着,程序将这些图片转换成numpy数组,并将每个像素值都归一化到0到1之间。最后,程序通过调用训练好的模型,对这些图片进行分类,得到它们可能属于哪个类别的概率。程序将其中一个图片和它的预测结果展示出来。
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