现在我有一个api接口,可以获得194个药物和它们的特征,以及它们相互之间的作用分数,每个药物也对应着若干个蛋白质,同时也可以获得每个蛋白质的特征,以及药物作用于蛋白质的分数,请用python写一段代码,构建dgl图,用于预测药物之间俺的作用分数
时间: 2023-06-17 19:06:52 浏览: 103
基于知识图谱和推荐系统的药物靶标相互作用预测python源码(含操作说明).zip
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好的,你可以使用DGL库构建关系图。首先需要安装DGL库,可以使用以下命令进行安装:
```python
!pip install dgl
```
接下来,你可以使用以下代码构建DGL图:
```python
import dgl
import numpy as np
import pandas as pd
# 读取药物和蛋白质的特征
drug_features = pd.read_csv('drug_features.csv')
protein_features = pd.read_csv('protein_features.csv')
# 读取药物-蛋白质相互作用分数
interactions = pd.read_csv('interactions.csv')
# 构建DGL图
g = dgl.DGLGraph()
g.add_nodes(drug_features.shape[0] + protein_features.shape[0])
# 添加药物节点
g.add_nodes(drug_features.shape[0])
g.nodes[:drug_features.shape[0]].data['features'] = torch.tensor(drug_features.values)
# 添加蛋白质节点
g.add_nodes(protein_features.shape[0])
g.nodes[drug_features.shape[0]:].data['features'] = torch.tensor(protein_features.values)
# 添加药物-蛋白质边
src = interactions['drug_id'].values
dst = interactions['protein_id'].values + drug_features.shape[0]
score = interactions['interaction_score'].values
g.add_edges(src, dst)
g.edges[src, dst].data['score'] = torch.tensor(score)
```
其中,drug_features.csv、protein_features.csv和interactions.csv分别为药物特征、蛋白质特征和药物-蛋白质相互作用分数的数据文件,可以根据实际情况进行修改。构建完成后,你可以使用DGL库提供的方法对图进行计算和预测。
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