用Bionconductor的affy包处理.cel文件

在Bioconductor的R环境中，`affy` 包是一个非常常用的工具，用于分析Affymetrix基因芯片数据，尤其是.CEL文件，这是Affymetrix微阵列实验的标准文件格式。下面是使用`affy`处理.CEL文件的一般步骤：

1. **安装并加载必要的库**：
首先需要确保已经安装了`affy`包，如果没有可以运行 `install.packages("affy")`。然后加载该包和其他依赖，如` oligo` 和 `affyio`：

   library(affy)
   library(oligo)
   library(affyio)

2. **读取CEL文件**：
使用 `read.celfiles()` 函数从一个目录路径读取多个.CEL文件，或直接传入单个文件路径：

   celFiles <- "path/to/your/cel/files"
   exprSet <- read.celfiles(celFiles)

3. **质量控制（QC）**：
对数据集进行基本的质量检查，例如查看探针和样本的数量：

   summary(exprSet)

4. **归一化**：
使用 `rma()` 或者 `mas5()` 函数对数据进行表达值归一化，这一步会生成数字低通滤波（normalized expression values）：

   normalizedExpr <- rma(exprSet)

5. **转换到GeneChip Expression Set（GSE）格式**：
将结果转换成GEO推荐的GSE格式，方便后续的数据存储和共享：

   gseObject <- cdfInfo(normalizedExpr)
   gset <- new("ExpressionSet", phenoData = pData(exprSet), exprs = exprs(normalizedExpr), cdf = gseObject)

6. **进一步的分析**：
这里可以进行聚类、差异表达分析、生物信息学注释等。