用Bionconductor的affy包处理.cel文件
时间: 2024-10-04 19:04:17 浏览: 136
AffyCelFiles:读取Affymetrix .CEL文件
在Bioconductor的R环境中,`affy` 包是一个非常常用的工具,用于分析Affymetrix基因芯片数据,尤其是.CEL文件,这是Affymetrix微阵列实验的标准文件格式。下面是使用`affy`处理.CEL文件的一般步骤:
1. **安装并加载必要的库**:
首先需要确保已经安装了`affy`包,如果没有可以运行 `install.packages("affy")`。然后加载该包和其他依赖,如` oligo` 和 `affyio`:
```r
library(affy)
library(oligo)
library(affyio)
```
2. **读取CEL文件**:
使用 `read.celfiles()` 函数从一个目录路径读取多个.CEL文件,或直接传入单个文件路径:
```r
celFiles <- "path/to/your/cel/files"
exprSet <- read.celfiles(celFiles)
```
3. **质量控制(QC)**:
对数据集进行基本的质量检查,例如查看探针和样本的数量:
```r
summary(exprSet)
```
4. **归一化**:
使用 `rma()` 或者 `mas5()` 函数对数据进行表达值归一化,这一步会生成数字低通滤波(normalized expression values):
```r
normalizedExpr <- rma(exprSet)
```
5. **转换到GeneChip Expression Set(GSE)格式**:
将结果转换成GEO推荐的GSE格式,方便后续的数据存储和共享:
```r
gseObject <- cdfInfo(normalizedExpr)
gset <- new("ExpressionSet", phenoData = pData(exprSet), exprs = exprs(normalizedExpr), cdf = gseObject)
```
6. **进一步的分析**:
这里可以进行聚类、差异表达分析、生物信息学注释等。
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