R语言中,针对生存变量使用randomForestSRC包进行随机生存森林模拟。如何获得每一个最优的随机模型参数,确定最佳的随机生存森林模型的 具体代码和详解。包括设置随机生存森林模型的参数范围,包括树的数量、节点分裂的最小样本数、节点分裂的最小分数等。可以使用“rfsrcControl”函数设定随机模型的控制参数。
时间: 2024-03-16 22:45:48 浏览: 184
以下是使用randomForestSRC包进行随机生存森林模拟的具体代码和详解,包括设置随机生存森林模型的参数范围、设定随机模型的控制参数、进行参数调优和拟合模型的步骤。
首先,我们需要加载randomForestSRC包和一个生存分析数据集,例如R包中的lung数据集。
```r
library(randomForestSRC)
data(lung)
```
接下来,我们可以使用“rfsrcControl”函数设定随机模型的控制参数,包括树的数量、节点分裂的最小样本数、节点分裂的最小分数等。例如,我们可以设定树的数量为500,节点分裂的最小样本数为5,节点分裂的最小分数为0.01。
```r
ctrl <- rfsrcControl(ntree = 500, nodesize = 5, mtry = 3, splitrule = "logrank", nsplit = 5, ntry = 3)
```
在上述代码中,我们设定了mtry = 3,表示每一次分裂节点时,随机选择3个变量进行评估;splitrule = "logrank"表示使用对数秩检验来评估分裂节点的效果;nsplit = 5表示每一个节点最多尝试5种分裂方式;ntry = 3表示每一个分裂方式最多尝试3个分裂点。
接下来,我们可以使用“tune.rfsrc”函数进行随机生存森林模型的参数调优。该函数会对每一个参数组合进行模型拟合,并基于交叉验证法选择最佳的参数组合。
```r
tune <- tune.rfsrc(Surv(time, status) ~ ., data = lung, ntreeTry = 500, control = ctrl, stepfactor = 1.5)
```
在上述代码中,我们使用“Surv”函数指定生存时间和事件变量,并使用“.”表示使用除了生存时间和事件变量以外的所有变量作为预测变量。我们设定ntreeTry = 500,表示对每一个参数组合拟合500棵随机树。
“tune.rfsrc”函数返回一个包含每一个参数组合的交叉验证结果的列表。我们可以使用“summary”函数查看交叉验证结果的汇总信息。
```r
summary(tune)
```
接下来,我们可以使用“rfsrc”函数进行最佳参数组合下的随机生存森林模型拟合。该函数将使用最佳参数组合拟合随机生存森林模型,并返回一个包含模型预测结果的对象。
```r
model <- rfsrc(Surv(time, status) ~ ., data = lung, ntree = tune$best.ntree, nodesize = tune$best.nodesize, mtry = tune$best.mtry, splitrule = tune$best.splitrule, nsplit = tune$best.nsplit, ntry = tune$best.ntry)
```
在上述代码中,我们使用“$”符号获取最佳参数组合的参数值,并将这些参数值传递给“rfsrc”函数拟合随机生存森林模型。
最后,我们可以使用“importance.rfsrc”函数获取每一个变量的重要性分数。该函数将返回一个包含每一个变量的重要性分数的对象。
```r
importance <- importance.rfsrc(model)
```
以上就是使用randomForestSRC包进行随机生存森林模拟的具体代码和详解,包括设置随机生存森林模型的参数范围、设定随机模型的控制参数、进行参数调优和拟合模型的步骤。
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