利用r解析pubmed18n0173.xml文件,若Abstract存在则提取每条记录的PMID、ArticleTitle以及Abstract字段,输出至文件PubMedResult.txt中
时间: 2024-09-29 07:15:16 浏览: 37
利用R语言解析XML文件如`pubmed18n0173.xml`并提取特定信息需要使用一些库,比如`xml2`用于读取和处理XML数据,`stringr`或`dplyr`来进行文本操作。以下是一个简单的步骤示例:
首先,你需要安装必要的包,如果还没有安装的话:
```R
install.packages("xml2")
install.packages("dplyr") # 如果尚未安装
```
然后,你可以使用以下代码来提取指定内容:
```R
library(xml2)
library(dplyr)
# 读取XML文件
xml_data <- read_xml("pubmed18n0173.xml")
# 定义XPath表达式选择Abstract存在的记录
xpath_expression <- "//Article/Abstract[count(text()) > 0]"
# 使用xml_find_all获取满足条件的节点列表
abstract_records <- xml_find_all(xml_data, xpath_expression)
# 创建一个data.frame存储结果
results <- data.frame(
PMID = sapply(abstract_records, function(x) xml_text(xml_node(x, "PMID"))),
ArticleTitle = sapply(abstract_records, function(x) xml_text(xml_node(x, "ArticleTitle"))),
Abstract = sapply(abstract_records, function(x) xml_text(xml_node(x)))
)
# 将结果写入到PubMedResult.txt文件中
write.csv(results, file = "PubMedResult.txt", row.names = FALSE, quote = FALSE)
```
这个脚本会找到所有有Abstract部分的记录,并将其PMID、ArticleTitle和Abstract字段分别写入到`PubMedResult.txt`文件中。
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