diff = np.abs(predicted_onehot - test_labels)这句可以优化么

时间: 2023-12-05 13:05:53 浏览: 40
这句代码可以通过使用NumPy的内置函数来进行优化。具体来说,np.abs(predicted_onehot - test_labels)这句代码可以改写成以下形式: ```python diff = np.abs(np.subtract(predicted_onehot, test_labels)) ``` 在这个版本中,我们使用NumPy的subtract函数来计算两个数组之间的差异,并使用np.abs函数计算它们的绝对值。这种写法更加简洁,并且可以更好地利用NumPy的广播(broadcasting)机制进行高效计算。 需要注意的是,在使用subtract函数时,我们需要保证两个数组的维度相同,否则会引发ValueError错误。因此,在使用这种写法时,需要确保predicted_onehot和test_labels的形状是相同的。
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diff = np.abs(predicted_onehot - test_labels) accuracy = np.mean((diff == np.array([0, 0, 0])).all(axis=1)) accuracy = accuracy.append() print(accuracy)怎么做可以求平均值

您可以定义一个列表(list)来存储每次计算出来的精确率,然后再求这个列表的平均值。具体代码如下: ``` accuracies = [] # 定义一个空列表 # 循环计算每次精确率 for i in range(num_of_tests): # num_of_tests为测试集大小 diff = np.abs(predicted_onehot[i] - test_labels[i]) accuracy = np.mean((diff == np.array([0, 0, 0])).all(axis=1)) accuracies.append(accuracy) # 将每次计算的精确率加入列表中 average_accuracy = np.mean(accuracies) # 求平均精确率 print("Average accuracy:", average_accuracy) ``` 其中,`num_of_tests` 为测试集大小,`accuracies` 列表存储每次计算出来的精确率,`np.mean` 函数可以求列表的平均值。

predicted_labels = np.argmax(predictions, axis=1) predicted_levels = [] predicted_onehot = np.zeros(predictions.shape) predicted_onehot[np.arange(len(predicted_labels)), predicted_labels] = 1这部分会导致准确率降低吗

这部分代码不会导致准确率降低,实际上它是将模型的预测结果从概率形式转换为了One-Hot编码的形式,以方便计算预测的准确率。 具体来说,np.argmax(predictions, axis=1)这句代码用于找到每个样本中预测概率最高的标签,这些标签将作为我们的预测结果。接下来,我们通过创建一个全零矩阵 predicted_onehot,并将每个样本中预测结果所对应的位置的值设置为1,从而将预测结果转换为One-Hot编码的形式。 predicted_levels = []这句代码则用于存储预测结果所对应的类别标签,它是将预测结果从One-Hot编码的形式转换为了单个标签形式。这在后续计算准确率时会用到。 因此,这部分代码不会导致准确率降低,反而可以方便我们对模型的预测结果进行处理和分析。

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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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