-bash: trace: command not found

当您在命令行输入命令时，如果系统无法找到该命令，会出现“-bash: command not found”的报错信息。这通常是因为系统的PATH变量未正确设置。您可以通过设置PATH变量来解决该问题。一种解决方法是在命令行中输入“export PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin”，这样可以暂时解决问题。执行该命令后，确保不要关闭终端。另外，需要注意的是，在命令行中输入命令时，命令和参数之间必须使用空格隔开，参数和参数之间也必须使用空格隔开。此外，文件名以“.”开头的文件是隐藏文件，可以通过“ls -a”命令查看。相关命令和参数的使用详见相关文档或手册。
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使用 GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION 来启用堆栈跟踪后，显示GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION: command not found，怎么处理？

当你在使用GATK时设置了 `GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION` 系统属性，但收到 "command not found" 错误，这通常表示你的系统找不到设置这个属性的方法或者环境变量配置有问题。以下是几种可能的解决步骤：

1. **检查拼写和大小写**：确保你在命令行中输入的环境变量名 (`GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION`) 没有拼写错误，因为它是全大写的。有时候，虽然在文档中看到的是大写，但在某些操作系统（如Linux/Mac）中，环境变量名通常是小写。

2. **修改环境变量**：如果你是在Linux或Mac终端中，可能需要在`.bashrc`, `.bash_profile` 或者 `.zshrc` 文件中添加环境变量，而不是直接在命令行中设置。例如：

   export GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true

3. **全局路径问题**：确保你设置环境变量的脚本文件位于你的PATH中，这样你的系统就能找到它。如果你在命令行中设置，确保退出并重新打开终端让设置生效。

4. **重启命令**：在一些环境下，可能需要重启终端或者重新加载环境变量才能使新设置生效。

5. **验证设置**：在设置完环境变量后，尝试创建一个新的shell实例（比如执行 `bash -c 'echo $GATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION'`），看是否能打印出预期的结果。

如果以上步骤都无法解决问题，可能是GATK本身的问题或者是与其他软件冲突，这时建议你查阅GATK文档或联系GATK社区寻求帮助。