fastqc -o ./qc/ W28-Col-0Cl60min_2.clean.fq.gz如何让该代码针对性只运行文件命中有w*编号的文件,且运行w28到w45
时间: 2024-09-13 17:09:22 浏览: 67
Girth-8QCL-PDC.rar_ QC-LDPC_PDC_PDC_matrix_QC_QC-LDPC matlab
fastqc是一个用于质量控制的工具,可以对高通量测序数据进行快速的质量检测分析。在你提供的命令中,“-o ./qc/”指定了输出目录,“W28-Col-0Cl60min_2.clean.fq.gz”是待分析的文件名。若要让fastqc命令针对性地只运行文件命中有“w*”编号的文件,并且这些编号的范围是从“w28”到“w45”,你可以通过编写一个脚本来实现这个需求。
以下是一个简单的bash脚本示例,你可以将它保存为一个文件,比如叫做`run_fastqc.sh`,然后在命令行中运行:
```bash
#!/bin/bash
# 设置fastqc命令的输出目录
output_directory="./qc/"
# 递归地找到所有符合w*编号的文件,并且编号在w28到w45之间
# 注意:这里假设文件名中的编号和前缀之间没有其他字符
# 如果文件名结构不同,需要调整正则表达式
for file in $(find . -name 'w[28-45]*.fq.gz')
do
# 执行fastqc命令分析找到的文件
fastqc -o $output_directory "$file"
done
```
请确保你已经给予了该脚本执行权限,可以通过以下命令来赋予执行权限:
```bash
chmod +x run_fastqc.sh
```
在执行这个脚本之前,请确保当前目录下或者可以通过find命令搜索到的目录下有符合条件的文件。
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