Java代码，用函数fun，计算形参所指数组中的平均值，规范所有数为正数，作为函数值返回，并将大于平均数的数放在形参y所指的数组中，在主函数中输出。

在Java中，你可以创建一个名为`averageAndFilter`的函数，它接受两个参数：一个整数数组`arr`和另一个整数数组引用`y`。首先，我们需要计算数组的平均值，然后过滤出大于平均值的数并放入`y`数组中。以下是完整的示例代码：

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        int[] arr = {4, 7, 2, 9, 5};
        int[] y = new int[arr.length]; // 创建一个新的数组来存储结果

        double average = averageAndFilter(arr, y);
        System.out.println("Average value: " + average);

        // 输出大于平均值的元素
        for (int i = 0; i < y.length; i++) {
            if (y[i] > 0) { // 验证是否已转换为正数
                System.out.print(y[i] + " ");
            }
        }
    }

    /**
     * 函数 fun，计算数组的平均值并将大于平均数的数放入另一个数组
     * @param arr 输入数组
     * @param y 存储结果的数组
     * @return 平均值
     */
    public static double averageAndFilter(int[] arr, int[] y) {
        double sum = 0;
        for (int num : arr) {
            // 确保数值为正
            num = Math.max(0, num);
            sum += num;
        }

        double average = sum / arr.length;

        // 将大于平均值的元素放入y数组
        int index = 0;
        for (int num : arr) {
            if (num > average) {
                y[index++] = (int) num; // 转换回整数并保存
            }
        }

        return average;
    }
}

在这个例子中，`averageAndFilter`函数会先遍历数组，将负数转换为正数并累加求和，然后计算平均值。接着，再次遍历数组，如果元素大于平均值，则将其存入`y`数组。