在R中编写foreach分块的分布式计算程序,并且以kendal tau为例对比Kendall tau的snow实现、foreach实现及foreach分块实现的计算时间
时间: 2024-09-29 11:07:05 浏览: 63
在R语言中,`foreach`是一个用于并行处理的包,它允许你在分布式环境中执行循环操作。对于大规模数据集,特别是涉及到分块计算时,`foreach`配合`doParallel`包可以将任务分割成多个小块,然后在集群的不同节点上并行运行。
以Kendall tau相似度为例,如果你想要计算两组数据的 Kendall tau 相似度,并利用 `foreach` 进行分块处理,首先需要安装所需的库(如`tidyverse`,`foreach`, 和`doParallel`),然后按照以下步骤进行:
```R
# 安装必要库
install.packages(c("tidyverse", "foreach", "doParallel"))
# 加载库
library(tidyverse)
library(foreach)
library(doParallel)
# 假设我们有两列数据 data1 和 data2 分别在两个大文件中
registerDoParallel() # 注册并行处理器
# 将数据分为多个部分
data_parts <- split(list(data1, data2), seq_along(list(data1, data2)))
# 使用 foreach 进行分块计算
kendall_times <- foreach(i = 1:length(data_parts)) %dopar% {
ktau_data <- kendall_tau(data_parts[[i]]$data1, data_parts[[i]]$data2)
# 计算并返回当前部分的 Kendal tau 值
return(ktau_data)
}
# 比较三种实现的时间
snow_time <- system.time(snow_ktau <- sapply(data_parts, function(x) kendall_tau(x$data1, x$data2)))
foreach_time <- system.time(foreach_ktau <- foreach(i = 1:length(data_parts)) %do% kendall_tau(data_parts[[i]]$data1, data_parts[[i]]$data2))
block_foreach_time <- system.time(block_foreach_ktau <- lapply(1:(ceiling(length(data_parts)/ncores())), function(j) foreach(i = (j-1)*ncores+1:j*ncores) %do% kendall_tau(data_parts[[i]]$data1, data_parts[[i]]$data2)))
# 输出比较结果
cat("Snow implementation time:", snow_time["elapsed"], "\n")
cat("Foreach implementation time:", foreach_time["elapsed"], "\n")
cat("Block foreach implementation time:", block_foreach_time["elapsed"], "\n")
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