用最简便的java数组学生管理系统定义Course，Subject，score Record输出结果为1.添加课程2.查询指定课程的成绩3.查询指定学生的成绩4.查询全部课程的成绩5.结束，在Main函数中调用

首先，我们可以创建三个简单的Java类来表示`Course`、`Subject` 和 `ScoreRecord`。然后在`StudentManager` 类中实现添加、查询等功能。这里是一个简化的例子：

// 定义Course类
class Course {
    private String name;
    // 添加构造函数、getter和setter方法

    public Course(String name) {
        this.name = name;
    }

    // 示例：获取课程名
    public String getName() {
        return name;
    }
}

// 定义Subject类，关联到Course
class Subject {
    private String subjectName;
    private Course course;

    public Subject(String subjectName, Course course) {
        this.subjectName = subjectName;
        this.course = course;
    }

    // 示例：获取科目名和课程
    public String getSubjectName() {
        return subjectName;
    }
    public Course getCourse() {
        return course;
    }
}

// 定义ScoreRecord类
class ScoreRecord {
    private Student student;
    private Subject subject;
    private int score;

    // 构造函数、getter和setter方法

    public int getScore(Student student, Subject subject) {
        // 这里假设学生对象已提供，根据实际需求计算分数并返回
        return score;
    }
}

// 学生管理系统类StudentManager
class StudentManager {
    private Map<Course, List<Subject>> courses;  // 用于存储所有课程及其对应科目

    public void addCourse(Course course) {
        // 添加课程到管理系统
    }

    public int queryScoreByCourse(Course course) {
        // 根据课程名查询成绩，这里只是一个示例，需要遍历找到相应课程对应的记录
        for (List<Subject> subjects : courses.values()) {
            for (Subject subject : subjects) {
                if (subject.getCourse().equals(course)) {
                    return 0;  // 返回默认值或根据实际情况计算
                }
            }
        }
        return -1;  // 表示未找到该课程
    }

    public int queryScoreByStudent(Student student, String courseName) {
        // 根据学生和课程名查询成绩
        for (Map.Entry<Course, List<Subject>> entry : courses.entrySet()) {
            Course c = entry.getKey();
            if (c.getName().equals(courseName)) {
                for (Subject subject : entry.getValue()) {
                    if (student.equals(subject.getStudent())) {
                        return subject.getScore(student);
                    }
                }
            }
        }
        return -1;  // 未找到对应的学生和课程
    }

    public void displayAllCoursesScores() {
        // 遍历显示所有课程的成绩
    }

    public static void main(String[] args) {
        // 创建实例并调用各个方法
        StudentManager manager = new StudentManager();
        // 添加课程
        Course course1 = new Course("Math");
        // 添加学生和科目到记录
        // ...

        // 调用查询功能，打印结果
        System.out.println("Querying score by course: " + manager.queryScoreByCourse(course1));
        // ...
        // 结束系统
        System.exit(0);
    }
}

这个设计仅为基础框架，你需要根据实际需求完善数据结构和方法实现。同时，注意在实际项目中，应处理可能出现的各种异常情况。