gdsc中rnaseq数据中细胞系名称
时间: 2023-11-28 13:02:50 浏览: 163
gdsc中的RNAseq数据中包含了大量不同细胞系的信息,这些细胞系名称是由研究人员根据其来源、特性或其他标识命名的。这些细胞系在RNAseq数据中的名称通常是编码形式,如HCC1954、A549等。这些编码名称可以帮助研究人员快速识别和区分不同的细胞系,方便他们进行数据分析和研究。
除了编码名称之外,有些细胞系可能还会有常用的名称或缩写,比如HCC1954细胞系也可能被称为MDA-MB-453。这些常用名称可以帮助研究人员更容易地理解和记忆细胞系的标识,并且在不同实验室或研究团队之间进行信息交流时也更方便统一。
细胞系名称的标识对于RNAseq数据的分析和解释具有重要意义,因为不同的细胞系可能具有不同的基因表达谱,而且研究人员通常需要根据特定的细胞系来进行数据比较和结果验证。因此,了解和理解gdsc中RNAseq数据中的细胞系名称是非常重要的,它可以帮助研究人员更准确地理解数据背后所代表的生物学含义,进而推动相关研究领域的发展和进步。
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def get_FolderIdxlsx(x, rightstr, saveName): path = "1/GCMA/GPD_GDSC/Study/" + x + "/2. Data Management/23. Study Metrics Report/fileUpload/" + rightstr id = FolderId.get_FolderId(path) print(path + "====" + str(id)) if id != 0: rdf = FolderList.get_all_file_info(id, None) if rdf.empty: print(str(id)+"下无文件") else: val = rdf[['FileName', 'FileId', 'FileCreateTime', 'FileModifyTime']] # 排序取最新 val = val[val['FileName'].str.contains(".xlsx")] val['date'] = pd.to_datetime(val['FileName'].str[-13:-5]) rdf = val.sort_values('date', ascending=False) downid = rdf.iloc[0][1] print(str(downid)+"下载") # 下载 region = Download_info.get_file_info(downid) # print(region) Download_all.get_file(downid, region, "data/xlsx/" + x + "$" + saveName) else: print("路径拼接异常") 下载异常直接跳过
你可以使用 `try-except` 块来捕获下载过程中的异常,并在异常发生时跳过下载并继续执行下一个循环。以下是一个示例代码:
```python
def get_FolderIdxlsx(x, rightstr, saveName):
path = "1/GCMA/GPD_GDSC/Study/" + x + "/2. Data Management/23. Study Metrics Report/fileUpload/" + rightstr
id = FolderId.get_FolderId(path)
print(path + "====" + str(id))
if id != 0:
rdf = FolderList.get_all_file_info(id, None)
if rdf.empty:
print(str(id) + "下无文件")
else:
val = rdf[['FileName', 'FileId', 'FileCreateTime', 'FileModifyTime']]
# 排序取最新
val = val[val['FileName'].str.contains(".xlsx")]
val['date'] = pd.to_datetime(val['FileName'].str[-13:-5])
rdf = val.sort_values('date', ascending=False)
downid = rdf.iloc[0][1]
print(str(downid) + "下载")
try:
# 下载
region = Download_info.get_file_info(downid)
# print(region)
Download_all.get_file(downid, region, "data/xlsx/" + x + "$" + saveName)
except Exception as e:
print("下载异常:" + str(e))
pass # 异常发生时跳过下载并继续下一个循环
else:
print("路径拼接异常")
```
在上面的代码中,使用 `try-except` 块来捕获 `Download_all.get_file` 方法中的异常。当异常发生时,会打印出异常信息,并使用 `pass` 语句跳过下载并继续下一个循环。这样就能实现下载异常时直接跳过并继续下一个的需求。
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