Entrez.esearch的使用格式
时间: 2024-11-04 20:18:37 浏览: 34
Entrez.esearch是NCBI(National Center for Biotechnology Information)提供的Entrez查询工具,用于检索PubMed、GenBank等数据库的元数据,获取与输入关键词相关的记录ID(UID)。它的基本使用格式如下:
```bash
esearch -db <database> -query "<search_term>" [-usehistory]
```
其中:
- `esearch`: 是Entrez搜索工具的命令。
- `-db <database>`: 指定你要搜索的数据库,比如`pubmed`( PubMed 文献)、`nucleotide`(基因组序列)、`protein`(蛋白质序列)等。
- `-query "<search_term>"`: 这里填写你要查找的主题词、关键词短语或者一个完整的检索表达式。例如,如果你想搜索关于COVID-19的文章,可以输入`"COVID-19[Title/Abstract]"`。
- `-usehistory` (可选): 如果你希望将搜索结果添加到历史记录以便后续使用,可以加上这个选项。
执行完此命令后,会返回一个XML文件,包含匹配到的信息,包括查询结果的数量和每个条目的标识符(如PMID或GI编号)。你可以使用`efetch`命令获取具体的记录内容。
示例:
```bash
esearch -query "COVID-19[Title/Abstract]"
```
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