[Br:1][CH2:2][CH2:3]Br.CC#N.CCOC(=O)C.O=C([O-])[O-].[OH:18][c:19]1[c:24]([Br:25])[cH:23][cH:22][cH:21][cH:20]1.[K+].[K+]>>[Br:1][CH2:2][CH2:3][O:18][c:19]1[c:24]([Br:25])[cH:23][cH:22][cH:21][cH:20]1 C1COCC1.C[O:7][C:8]([CH2:10][O:11][c:12]1[cH:37][c:16]([N:17]([CH:21]2[c:36]3[c:24]([cH:25][cH:26][c:27]([cH:35]3)-[c:28]3[cH:34][c:32]([F:33])[cH:31][cH:30][cH:29]3)[CH2:23][CH2:22]2)[C:18](=[O:20])[CH3:19])[cH:15][cH:14][cH:13]1)=[O:9].[Li+].[OH-]>>[CH3:19][C:18]([N:17]([CH:21]1[c:36]2[c:24]([cH:25][cH:26][c:27]([cH:35]2)-[c:28]2[cH:34][c:32]([F:33])[cH:31][cH:30][cH:29]2)[CH2:23][CH2:22]1)[c:16]1[cH:37][c:12]([O:11][CH2:10][C:8]([OH:7])=[O:9])[cH:13][cH:14][cH:15]1)=[O:20] C=[C:2]([C@H:4]1[C@H:40]2[C@](C[CH2:11][C@:12]3([C@@:38]4([CH3:39])[C@@H:17]([C@@:18]5([C@@H:35]([CH2:36][CH2:37]4)[C:32]([CH3:34])([CH3:33])[C:22]([c:23]4[cH:31]cc(C(O)=O)[cH:25][cH:24]4)=[CH:21][CH2:20]5)[CH3:19])[CH2:16][CH2:15][C@@H:14]32)[CH3:13])(CO)CC1)[CH3:3].CC[O:43][C:44](=[O:46])[CH3:45].[CH3:47][OH:48].[Pd]>>[CH3:11][CH:12]([C@H:14]1[C@H:40]2[C@:4](C[CH2:11][C@:12]3([C@@:38]4([CH3:39])[C@@H:17]([C@@:18]5([C@@H:35]([CH2:36][CH2:37]4)[C:32]([CH3:34])([CH3:33])[C:22]([c:23]4[cH:24][cH:25][c:45]([C:44]([OH:43])=[O:46])c[cH:31]4)=[CH:21][CH2:20]5)[CH3:19])[CH2:16][CH2:15][C@@H:14]32)[CH3:13])([CH2:47][OH:48])[CH2:2][CH2:3]1)[CH3:13] [21:34:21] **** Invariant Violation could not find probe element Violation occurred on line 71 in file C:\rdkit\build\temp.win-amd64-cpython-310\Release\rdkit\Code\RDGeneral/utils.h Failed Expression: foundIt **** Invariant Violation could not find probe element Violation occurred on line 71 in file Code\RDGeneral/utils.h Failed Expression: foundIt RDKIT: 2023.03.2 BOOST: 1_78 堆栈跟踪: > File "C:\Users\nerwork\source\repos\Print Structural\Print_Structural.py", line 67, in new_func > File "C:\Users\nerwork\source\repos\Print Structural\Print_Structural.py", line 77, in <module> (Current frame) 已加载“__main__” 已加载“runpy” 程序“python.exe”已退出,返回值为 4294967295 (0xffffffff)。
时间: 2023-08-17 09:58:44 浏览: 207
根据你提供的错误信息,`Invariant Violation could not find probe element`,这是由于在处理某个 SMILES 字符串时出现了问题。具体来说,错误信息指示 RDKit 无法找到某个原子元素。
这可能是由于以下原因之一导致的:
1. SMILES 字符串中包含了 RDKit 不支持的元素或不正确的元素符号。请确保 SMILES 字符串中的元素符号是符合化学规则的,并且在 RDKit 的元素表中存在。
2. RDKit 版本过旧,不支持某些元素。请确保你使用的是最新版本的 RDKit 库。你提供的错误信息中显示你使用的 RDKit 版本是 `2023.03.2`,这是一个未来版本,可能并不存在。请尝试更新到已发布的稳定版本。
为了更好地帮助你解决问题,请提供具体的 SMILES 字符串示例,以及你使用的 RDKit 版本信息。这样我可以更详细地分析问题并给出正确的解决方案。
相关问题
[13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' for input: 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' [13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: [BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出,返回值为 0 (0x0)。
这些错误信息表明在解析 SMILES 时发生了语法错误。有几个可能的原因导致这些错误:
1. 拼写错误:请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误。即使一个小的拼写错误也会导致整个 SMILES 字符串无效。
2. 不受支持的特性:RDKit 对某些特殊的 SMILES 特性可能不支持,这可能导致解析错误。你可以查阅 RDKit 的文档来了解支持的特性和语法规则。
3. SMILES 字符串格式错误:请确保你的 SMILES 字符串是按照正确的 SMILES 格式编写的。如果格式不正确,RDKit 将无法解析。
建议你检查你提供的 SMILES 字符串是否符合正确的格式,并确保没有任何拼写错误。如果问题仍然存在,请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息,以便我能够更好地帮助你解决问题。
SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出,返回值为 0 (0x0)。 程序“python.exe”已退出,返回值为 4294967295 (0xffffffff)。
这个错误是由于你提供的 SMILES 字符串无法被正确解析所引起的。在给定的 SMILES 字符串中存在一些错误或不受支持的特性,导致 RDKit 无法将其解析为有效的分子对象。
要解决这个问题,你可以尝试以下几个步骤:
1. 检查 SMILES 字符串是否正确:请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误或语法错误。一个简单的错误可能会导致整个 SMILES 字符串无效。
2. 确保 RDKit 已正确安装:请确保你已经正确安装了 RDKit 库,并且能够成功导入 `rdkit` 模块。
3. 尝试使用其他 SMILES 字符串:如果你仍然遇到解析错误,尝试使用其他已知有效的 SMILES 字符串进行测试,以验证 RDKit 是否正常工作。这可以帮助你确定问题是否出现在你提供的 SMILES 字符串上。
如果你仍然无法解决问题,请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息,以便我能够更好地帮助你找到解决方案。
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