在Linux系统中编写一个由头文件greeting.h、自定义函数文件greeting.c、主函数文件myapp.c构成的C程序，并根据这三个文件的依赖关系编写Makefile文件。

在Linux系统中，你可以按照以下步骤创建一个简单的C程序，包括头文件(greeting.h)、函数定义文件(greeting.c)以及主程序(myapp.c)，并配合一个Makefile文件：

1. **头文件(greeting.h)**:
这里通常定义函数的原型，声明函数将怎样被调用但不提供实际的实现。

   // greeting.h
   #ifndef GREETING_H
   #define GREETING_H

   void greet(const char *name);

   #endif // GREETING_H

2. **函数定义文件(greeting.c)**:
这里包含函数的具体实现。

   // greeting.c
   #include "greeting.h"
   
   void greet(const char *name) {
       printf("Hello, %s!\n", name);
   }

3. **主函数文件(myapp.c)**:
这是程序入口点，通过`#include`包含头文件并在main()函数中调用函数。

   // myapp.c
   #include <stdio.h>
   #include "greeting.h"

   int main() {
       greet("World");
       return 0;
   }

4. **Makefile文件**:
Makefile是一个自动化构建工具，用于管理编译过程。这里简单示例如下：

   # Makefile
   CC = gcc
   CFLAGS = -Wall -std=c99
   OBJECTS = greeting.o myapp.o

   all: myapp

   greeting.o: greeting.c greeting.h
       $(CC) $(CFLAGS) -c greeting.c -o greeting.o

   myapp: greeting.o myapp.c
       $(CC) $(CFLAGS) -o myapp greeting.o myapp.c

   clean:
       rm -f *.o myapp

运行`make`命令会自动编译和链接源代码。