> merged_df <- merge(df_with_names, data, by.x = 'Sample', by.y = "...1") # 通过基因ID字段合并 错误: `by.x`中的列名必须是x的有效列。 >

在R语言的数据处理中，`merge()`函数用于将两个数据框（data frames）按特定列进行合并。在这个例子中，你在尝试通过`df_with_names`中的'Sample'列和`data`中的某个列(`by.y`)进行合并，但是出现了错误，提示说`by.x`（即`df_with_names`中的列名）应该是一个有效的列，但实际上它不是一个。

这个错误可能是由于以下几个原因：

1. `'Sample'`列不存在于`df_with_names`中，你需要检查这个列是否拼写正确，或者是否已经被删除或重命名。
2. `Sample`不是你可以作为合并键（by column）的列，可能是数字、字符或其他非因子类型的列。因子列通常适合做合并键。
3. 如果'Sample'列原本是个因子，但没有设置为水平因子（factor with levels），则需要先将其转换为水平因子以便正确匹配。

解决这个问题后，你可以按照正确的列名更新`by.x`，然后再次运行`merge()`函数。例如，如果`data`中的相应列名为`gene_id`，你应该这样写：

merged_df <- merge(df_with_names, data, by.x = 'Sample', by.y = 'gene_id')

如果你仍然不确定哪个列是正确的，可以查看两份数据集的结构，找出共享的列名：

str(df_with_names)
str(data)