请修改上述代码，两棵树为.treefile格式

好的，以下是修改后的代码，用于比较两个 .treefile 格式的树文件的拓扑结构差异：

#!/bin/bash

# 定义输入文件名
tree1="tree1.treefile"
tree2="tree2.treefile"

# 运行 iqtree 进行拓扑结构比较
iqtree -z $tree1 -t $tree2

# 输出拓扑结构差异结果
echo "拓扑结构差异结果："
cat $tree1.treefile.contree

# 清理生成的临时文件
rm $tree1.treefile*

请将 `tree1.treefile` 和 `tree2.treefile` 替换为您实际的树文件路径和文件名。运行以上代码将输出两棵树的拓扑结构差异结果。

需要注意的是，这里假设您已经在系统中正确安装了 iqtree，并将其添加到了环境变量中。如果没有，请确保您已经正确安装 iqtree，并在脚本中使用 iqtree 的完整路径。另外，请注意根据实际需求调整参数和结果解析。