我怎么得到mash_db

Mash DB（MegaBLAST All-Species Small Subunit Ribosomal RNA database）是一个用于快速比较序列的小型数据库，用于GTDB-Tk（Genome Taxonomy Database Toolkit）工具包中的物种鉴定步骤。为了获取Mash DB，你可以按照以下步骤操作：

下载预构建的Mash DB：

访问GTDB官方网站（https://github.com/gtdb-org/gtdb-tk），找到"Mash databases"部分，那里通常会提供已打包好的Mash DB，包括全物种SSU rRNA数据库等。
根据你的需求选择合适的版本下载。

安装Mash：

首先确保你已经安装了Git和Python（特别是Mash依赖的Python库）。如果还没有，可以分别安装。
使用命令行安装Mash：pip install mash
登录后复制

下载和本地存储：

下载并解压预构建的数据库文件到你的本地机器上。这通常是.msh或.msh.idx格式的文件。
将这个文件路径添加到你的环境变量中，以便后续在运行GTDB-Tk时能直接引用。

配置GTDB-Tk：

当你在使用GTDB-Tk的命令行工具时，如classify_wf，需要指定--mash_db参数指向你刚才下载的Mash DB文件位置。

请注意，由于版权和更新原因，官方推荐使用他们提供的预构建数据库。如果你想创建自定义的Mash DB，你需要先获取原始数据并根据Mash文档进行构建，但这可能会更复杂一些。