Error in FUN(X[[i]], ...) : only defined on a data frame with all numeric-alike variables
时间: 2024-02-13 08:04:18 浏览: 39
这个错误提示表明您的函数只能作用于所有变量都是数值型的数据框,但是您的数据框中包含了非数值型的变量。在 R 语言中,许多函数要求输入的数据框中所有的变量都是数值型的。因此,您需要检查您的数据框,确保所有的变量都是数值型的,或者需要进行数值型转换。
您可以使用以下方式检查数据框中的变量类型:
```R
str(data)
```
这会显示数据框中每个变量的名称、类型和前几行的值。如果您发现某些变量类型不是数值型的,您可以使用以下代码将其转换为数值型:
```R
data$V1 <- as.numeric(data$V1)
data$V2 <- as.numeric(data$V2)
```
这里假设 `V1` 和 `V2` 是您的非数值型变量。注意,如果数据框中包含缺失值或者其他非法值,转换为数值型可能会导致错误。因此,在进行转换之前,最好先检查数据框中是否存在这些问题。
如果您仍然无法解决问题,可以提供更多的代码和错误信息,这样我可以更好地帮助您。
相关问题
results <- cibersort(sig_matrix = LM22, mixture_file = allfpkm) Error in FUN(X[[i]], ...) : only defined on a data frame with all numeric-alike variables
这个错误信息表明 `cibersort()` 函数只适用于所有变量都是数值变量的数据框,但是 `allfpkm` 数据框中可能包含非数值变量。你可以使用以下方法来检查 `allfpkm` 数据框中的变量类型:
```
str(allfpkm)
```
如果你发现其中包含非数值变量,则需要将其删除或转换为数值变量。删除非数值变量的方法是使用 `subset()` 函数,例如:
```
allfpkm <- subset(allfpkm, select = -c(non_numeric_variable))
```
请将 `non_numeric_variable` 替换为非数值变量的列名。如果你需要将非数值变量转换为数值变量,可以使用 `as.numeric()` 函数,例如:
```
allfpkm$non_numeric_variable <- as.numeric(allfpkm$non_numeric_variable)
```
请将 `non_numeric_variable` 替换为非数值变量的列名。完成后,再次运行 `cibersort()` 函数,应该就不会出现该错误信息了。
Error in `summarise()`: ℹ In argument: `total_GZL = sum(GZL)`. ℹ In group 1: `username = "何洪顷 "`. Caused by error in `FUN()`: ! only defined on a data frame with all numeric-alike variables Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
这个错误提示表明,在对 `GZL` 列进行汇总计算时,出现了数据类型不匹配的问题。`sum()` 函数只能用于数值型变量,而不能用于其他类型的变量,例如字符型变量或数据框类型的变量。你可以使用 `class()` 函数检查一下 `GZL` 列的数据类型,例如:
```
class(GZL_12$GZL)
```
如果发现数据类型不是数值型,你需要对数据进行清洗或转换,使其符合 `sum()` 函数的要求。可能需要检查一下数据中是否有缺失值或者非法字符,或者尝试使用 `as.numeric()` 函数将数据转换为数值型。另外,还可以使用 `mutate()` 函数将 `GZL` 列转换为数值型,例如:
```
GZL_12 <- GZL_12 %>%
mutate(GZL = as.numeric(GZL))
```
这个代码会将 `GZL` 列中的数据转换为数值型,并将结果保存回 `GZL_12` 数据集中。然后你可以再次尝试运行 `GZL_sum <- GZL_12 %>% group_by(username) %>% summarise(total_GZL = sum(GZL))` 代码,看看是否仍然会出现错误。