你是一名python工程师,请用python生成多步有机分子化学反应树状图,并给出代码
时间: 2024-05-08 17:18:55 浏览: 96
好的,我可以使用Python中的RDKit工具包来生成有机分子化学反应树状图,代码如下:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
# define a reaction
rxn = AllChem.ReactionFromSmarts('[C:1][N:2][C:3]>>[C:1]=[N:2].[C:3]=[O:4]')
# create a reaction tree
reactant = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)NCCC(c1ccccc1)N')
product = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1C(N)=O')
tree = AllChem.ReactionTree(rxn, [reactant], [product])
# draw the reaction tree
drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(500, 500)
drawer.DrawReactionTree(tree)
drawer.FinishDrawing()
# save the tree as an SVG file
svg = drawer.GetDrawingText()
with open('reaction_tree.svg', 'w') as f:
f.write(svg)
```
这段代码中,我使用RDKit中的AllChem模块定义了一个有机分子化学反应,然后创建了一个反应树,其中包含了该反应的起始物和产物。最后,我使用RDKit中的rdMolDraw2D模块将反应树绘制成SVG格式的图像,并保存到本地文件中。
阅读全文