mOTUs宏基因组分析代码

mOTUs (meta-genomic Operational Taxonomic Units) 是一种用于宏基因组数据分析的方法，可以将相似的基因组组装单元（contigs）聚类成 OTUs。mOTUs 方法结合了基于组装的方法和基于比对的方法，可以在减少计算量的同时提高分类的准确性。以下是 mOTUs 的分析流程：

1. 准备数据：将原始宏基因组序列数据进行过滤、去重、组装和基因预测等步骤，得到 contigs 序列和相应的注释信息。

2. 聚类 contigs：将 contigs 序列进行聚类，根据相似度将相同的 contigs 聚合成 OTUs。

3. 计算基因组丰度：使用 Bowtie2 或 BWA 等比对工具将原始序列数据比对到 contigs 序列上，根据比对结果计算每个 OTU 的丰度。

4. 分析 OTU 的分类信息：使用 NCBI RefSeq 数据库和 DIAMOND 等工具，将每个 OTU 的注释信息和参考基因组进行比对，确定每个 OTU 的分类信息。

5. 分析功能注释：对每个 OTU 进行基因注释和功能注释，根据注释结果分析样本的功能组成。

mOTUs 的分析流程比较复杂，需要使用多种工具和软件进行数据处理和分析。可以使用 mOTUs 的官方网站（https://motu-tool.org/）提供的在线分析平台，也可以下载 mOTUs 的软件包进行本地分析。