cat("含有模序\"",pattern, "\"超过"， hit_num, "个的所有蛋白质序列已写入当前工作目录下文件'Hit_sequences.fasta'", "\n", sep = "") Error: unexpected input in: " #输出提示信息 cat("含有模序\"",pattern, "\"超过"，"

这段代码中出现了中文的逗号，应该使用英文逗号。请修改为如下代码：

# 输出提示信息
cat("含有模序\"", pattern, "\"超过", hit_num, "个的所有蛋白质序列已写入当前工作目录下文件'Hit_sequences.fasta'", "\n", sep = "")

注意，英文逗号后面有一个空格，这是为了让输出信息更加清晰易读。

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cat("含有模序\"", pattern, "\"超过", hit_num, "个的所有蛋白质序列已写入当前工作目录下文件'Hit_sequences.fasta'", "\n", sep = "") Error in cat("含有模序\"", pattern, "\"超过", hit_num, "个的所有蛋白质序列已写入当前工作目录下文件'Hit_sequences.fasta'", : object 'pattern' not found

这个错误出现的原因是因为变量`pattern`没有被定义或者赋值。请检查您的代码，看看有没有在这段代码之前定义或者赋值`pattern`这个变量。如果没有，请先定义或者赋值`pattern`，然后再运行这段代码。例如：

# 定义或者赋值pattern变量
pattern <- "ABC"

# 输出提示信息
cat("含有模序\"", pattern, "\"超过", hit_num, "个的所有蛋白质序列已写入当前工作目录下文件'Hit_sequences.fasta'", "\n", sep = "")

请将上述代码中的`"ABC"`替换成您需要的模式序列。