如果我想在进化树上同时加分组、温度和pH为外环，分组是色块，温度和pH是热图，要怎么加

您可以使用一些可视化工具如 R 语言中的 ggtree 包或者 Python 语言中的 ETE Toolkit 来实现。下面是一个使用 ggtree 包的示例代码：

library(ggtree)
library(RColorBrewer)

# 读入进化树
tree <- read.tree("tree.nwk")

# 读入分组信息
group_df <- read.table("group.txt", header = TRUE, sep = "\t")

# 读入温度和 pH 数据
heatmap_df <- read.table("heatmap.txt", header = TRUE, sep = "\t")

# 设置分组颜色
colors <- brewer.pal(n = 8, name = "Set2")
names(colors) <- unique(group_df$group)

# 绘制进化树
g <- ggtree(tree) +
  geom_tiplab(size = 3) +
  scale_color_manual(values = colors) +
  geom_tippoint(aes(color = group), size = 3, alpha = 0.8) +
  theme_tree2(legend.position = "right")

# 添加温度和 pH 热图
g_heatmap <- gheatmap(g, heatmap_df, width = 0.1, offset = 0.05, color = "RdYlBu")

# 输出图形
g_heatmap

其中，您需要准备以下文件：

- 进化树文件（例如 `tree.nwk`）
- 分组信息文件（例如 `group.txt`），其中包含每个序列所属的分组信息，格式为：

seq1    group1
seq2    group1
seq3    group2
seq4    group2

- 温度和 pH 数据文件（例如 `heatmap.txt`），其中包含每个序列的温度和 pH 数据，格式为：

seq1    20    7.0
seq2    22    7.2
seq3    25    6.8
seq4    27    6.5

这样就可以同时将分组、温度和 pH 数据作为进化树的外环进行可视化了。