如何在Python中设置RDKIT的芳香性模型?
时间: 2024-09-13 19:11:40 浏览: 65
在Python中使用RDKit(RDK,Chemistry Development Kit),你可以通过`rdchem`模块来设置芳香性模型。具体来说,可以使用`rdchem.RWMol.SetAromaticityModel`函数,这个函数需要一个字符串参数来指定模型。以下是几种常见的芳香性模型:
1. **rdchem.AromaticityModel.MOLAROMATIC**:这是默认模式,遵循IUPAC标准,只有完全共轭的环被认为是芳香的。
2. **rdchem.AromaticityModel.MDL**:MDL模式较宽松,单取代的苯也被视为芳香。
3. **rdchem.AromaticityModel.Kekule**:Kekule模式下,仅考虑六个原子的环,并假设每个环都是芳香的。
4. **rdchem.AromaticityModel.Organic**:有机模式结合了MOLAROMATIC和Kekule的一些特性,适用于某些特定的有机化学情况。
设置模型的示例代码如下:
```python
from rdkit import Chem
# 加载一个分子
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
# 设置芳香性模型为MDL模式
mol = Chem.AddHs(mol) # 首先添加氢原子
mol = Chem.RWMol(mol)
mol.SetAromaticityModel(Chem.AromaticityModel.MDL)
# 然后计算二维坐标
Chem.EmbedMolecule(mol)
# 检查芳香性
print([atom.GetIsAromatic() for atom in mol.GetAtoms()])
```
在使用前,记得根据你的需求选择合适的模型。如果你有具体的结构数据和错误,提供更多信息会有助于解决实际的问题。
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