Bulk RNA-seq分析，clean data匹配到鼠109版本基因组，必须在linux系统上跑吗

不一定必须在Linux系统上运行，但是Linux系统在科学计算中广泛使用，因为它提供了更好的性能、更大的灵活性和更好的可扩展性。此外，大多数RNA-seq分析软件和工具都是在Linux环境下开发和测试的，因此在Linux系统上运行这些软件可能更加方便和稳定。

如果您不熟悉Linux系统，也可以在Windows或Mac系统上运行RNA-seq分析软件和工具。这些系统上也有许多RNA-seq分析软件和工具，如R、DESeq2、edgeR、STAR、HISAT2等，可以进行基因表达分析和基因组比对。但是，您可能需要为这些软件和工具安装额外的库和依赖项，并且在使用过程中可能会遇到一些系统和软件兼容性问题。