提供侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具罪的难点问题主要在于“专用程序、工具”和“明知”的理解与认定？

是的，提供侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具罪的难点问题主要在于“专用程序、工具”和“明知”的理解与认定。

首先，“专用程序、工具”是指专门用于实施计算机犯罪行为的软件或硬件工具。但是，对于一些普通的软件或工具，其本身并不是为了犯罪而存在，但可能会被犯罪分子利用，这时候就需要对其是否构成“专用程序、工具”进行具体分析。

其次，“明知”也是一个难点问题。因为提供者可能会辩称自己并不知道这些程序、工具被用于非法用途，或者认为这些工具的用途是合法的。因此，需要在具体案件中进行证据收集和分析，以证明提供者是“明知”的。

综上所述，对于提供侵入、非法控制计算机信息系统的程序、工具罪的认定，需要进行具体的案件分析和证据收集，以确定是否构成“专用程序、工具”和提供者是否“明知”。