编写python代码进行图像中细胞的分析处理,要求进行图像分割,将图像中细胞分割为两类或三类,细胞计数,重叠或粘连的细胞要计数成多个;不完整的细胞记成一个;最后进行半径计算
时间: 2023-02-07 14:56:09 浏览: 131
这是一个相当大的问题,因此我将分成几个部分来回答:
- 如何将图像分成两类或三类
- 如何计算细胞的数量
- 如何计算细胞的半径
首先,我们需要导入必要的库:
```python
import cv2
import numpy as np
```
接下来,我们可以使用 OpenCV 库中的分水岭算法来将图像分割为两类或三类。分水岭算法可以找到图像中的轮廓,然后将轮廓内部和轮廓外部分割成两部分。
这里是一个例子,假设我们已经读入了图像,并将其存储在变量 `img` 中:
```python
gray = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
ret, thresh = cv2.threshold(gray, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY_INV+cv2.THRESH_OTSU)
# noise removal
kernel = np.ones((3,3),np.uint8)
opening = cv2.morphologyEx(thresh,cv2.MORPH_OPEN,kernel, iterations = 2)
# sure background area
sure_bg = cv2.dilate(opening,kernel,iterations=3)
# Finding sure foreground area
dist_transform = cv2.distanceTransform(opening,cv2.DIST_L2,5)
ret, sure_fg = cv2.threshold(dist_transform,0.7*dist_transform.max(),255,0)
# Finding unknown region
sure_fg = np.uint8(sure_fg)
unknown = cv2.subtract(sure_bg,sure_fg)
```
这将生成三个变量:`sure_bg`(背景)、`sure_fg`(前景)和 `unknown`(未知区域)。
接下来,我们可以使用分水岭算法将图像分成
阅读全文