生存分析python

生存分析是一种统计方法，用于分析个体在研究期间的生存时间或事件发生的概率。在Python中，我们可以使用不同的库来进行生存分析，如lifelines、scikit-survival和survival等。

在lifelines库中，可以使用Kaplan-Meier估计方法来估计生存曲线，并使用Cox比例风险回归模型来评估预测因素的影响。在scikit-survival库中，可以使用Cox比例风险回归模型、Aalen's加性模型和Kaplan-Meier估计方法来进行生存分析。同时，在survival库中，也提供了各种生存分析的方法和模型。

下面是一个使用lifelines库进行生存分析的示例代码：

# 导入库
from lifelines import KaplanMeierFitter
from lifelines.datasets import load_waltons

# 加载数据集
data = load_waltons()

# 创建Kaplan-Meier估计器对象
kmf = KaplanMeierFitter()

# 根据不同的组别计算生存曲线
groups = data['group']
time = data['time']
event = data['event']
kmf.fit(time, event, label='All')

# 绘制生存曲线
kmf.plot()

# 显示图形
plt.show()

相关问题

km生存分析python

生存分析（Kaplan-Meier法）是一种用于分析时间到达某个事件（如死亡、客户流失等）的统计方法。在Python中，可以使用lifelines包来进行生存分析。具体步骤如下：

1. 导入必要的库和数据：首先，需要导入lifelines包和相关的数据。可以使用pandas_profiling包对数据进行描述性统计。

2. 创建生存函数：使用lifelines包中的KaplanMeierFitter类创建生存函数对象。可以使用该对象计算生存曲线和生存函数。

3. 绘制生存曲线：使用生存函数对象的plot方法可以绘制生存曲线。可以根据需要添加标签和设置图形属性。

4. 进行Cox比例风险回归分析：使用lifelines包中的CoxPHFitter类进行Cox比例风险回归分析。可以使用该对象拟合Cox模型，并计算各个危险因素的风险比。

5. 进行校准分析：可以使用lifelines包中的survival_probability_calibration函数进行校准分析。该函数可以绘制校准曲线，评估模型的预测准确性。

综上所述，使用Python进行生存分析可以通过lifelines包实现。可以参考相关的代码和案例来了解更多细节。\[1\]\[2\]\[3\]
#### 引用[.reference_title]
- *1* [python实现生存分析（Survival Analysis）](https://blog.csdn.net/qq_39579290/article/details/126857884)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *2* *3* [python数据分析实战：生存分析与电信用户流失预测](https://blog.csdn.net/BernardDong/article/details/125351473)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
[ .reference_list ]

Logistic生存分析python

### 实现Logistic生存分析

为了使用Python进行Logistic生存分析，通常会依赖于特定库来处理数据并执行统计模型。对于此类任务，`lifelines`是一个专门用于生存分析的强大工具[^1]。

#### 安装必要的库

首先需要确保环境中已经安装了所需的包：

pip install lifelines pandas numpy matplotlib seaborn scikit-survival

这些软件包提供了构建和可视化生存分析所需的功能和支持。

#### 导入必需模块

在编写具体的应用程序之前，先导入所有需要用到的Python库：

import pandas as pd
from lifelines import CoxPHFitter, KaplanMeierFitter
from sklearn.model_selection import train_test_split
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

#### 数据准备

假设有一个CSV文件包含了患者的随访时间以及事件发生情况的数据集，则可以按照如下方式加载它：

data = pd.read_csv('path_to_your_data.csv')
# 假设列名为 'duration' 表示存活期长度；'event_occurred' 表明是否有事件（死亡或其他终点）
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(data[['features']], data[['duration', 'event_occurred']])

此处仅作为示意，并未给出实际路径名或特征名称，请替换为真实存在的字段。

#### 构建Cox比例风险回归模型

虽然题目提到的是Logistic生存分析，但在实践中更多情况下是应用Cox比例风险模型来进行这种类型的预测。下面展示了一个简单的例子说明如何创建这样的模型：

cph = CoxPHFitter()
cph.fit(X_train.join(y_train), duration_col='duration', event_col='event_occurred')

print(cph.summary)

def plot_coefficients(model):
    """绘制系数图"""
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(8, 6))
    n_features = len(model.params_)
    coef_values = model.params_.values.reshape((n_features,))
    
    positions = np.arange(n_features)
    ax.barh(positions, coef_values, align="center", color="blue")
    ax.set_yticks(positions)
    ax.set_yticklabels([f"Coefficient {i}" for i in range(1, n_features + 1)])
    ax.axvline(x=0, color=".5")

plot_coefficients(cph)
plt.show()

predictions = cph.predict_expectation(X_test).rename("expected_survival_time")
results = pd.concat([y_test.reset_index(drop=True), predictions], axis=1)
print(results.head())

这段代码展示了怎样训练一个基于给定数据集的Cox PH Fitter对象，并打印出摘要信息、绘制成图形表示各个变量的影响程度最后还进行了测试样本上预期寿命时间的预测。

由于直接称为“Logistic 生存分析”的方法并不常见，在此提供了一种更为通用的方法即通过Cox比例风险模型完成相似的任务。如果确实存在具体的Logit形式下的生存分析需求，则可能涉及到其他更加专业的技术手段或是自定义算法实现[^2]。