如何把6个.pdb文件整合成一个进行多序列比对
时间: 2023-06-10 12:06:02 浏览: 297
您可以使用多种软件来将多个PDB文件合并为一个,并生成多序列比对结果。
其中,一个常用的软件是Clustal Omega。您可以按照以下步骤操作:
1. 将6个PDB文件合并为一个FASTA格式的文件,其中每个序列应该以“>PDBID”开头,紧接着是该序列的氨基酸或核苷酸序列。例如:
>PDB1
MKFTVWRRRA
>PDB2
MFTVWRRAA
2. 打开Clustal Omega软件,将上述FASTA格式的文件导入。
3. 在软件界面中,点击“Run”按钮,等待多序列比对结果生成。
4. 在结果窗口中查看多序列比对结果。
另外,如果您想要使用其他软件进行多序列比对,例如MUSCLE或T-Coffee等,也可以采用类似的方法将多个PDB文件合并为一个FASTA格式的文件,然后导入到对应的软件中进行比对。
相关问题
3、通过Tcoffee对data文件夹中的6个.pdb文件进行多序列比对,并与Clustal算法对data文件夹中的6个.fasta序列进行多序列比对的结果进行比较
以下是使用Tcoffee和Clustal对data文件夹中的文件进行多序列比对的步骤和结果比较:
## Tcoffee进行多序列比对
1. 安装Tcoffee软件,命令行输入t_coffee -version确认是否安装成功。
2. 将data文件夹中的6个.pdb文件拷贝到一个新的目录中。
3. 打开命令行工具,进入到新目录中,输入以下命令进行多序列比对:
```
t_coffee *.pdb -output=fasta_aln
```
这条命令会将所有的.pdb文件转换为.fasta格式,并进行多序列比对,结果保存在一个新的文件中。
4. 查看结果文件,可以发现文件中包含了6个序列的多序列比对结果,如下所示:
```
>1a0a_1
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PGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYE
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```
结果中,每个序列的名称以及序列的比对结果都被包含在了">"符号后面的一行中。
## Clustal进行多序列比对
1. 安装Clustal软件,命令行输入clustalw确认是否安装成功。
2. 将data文件夹中的6个.fasta文件拷贝到一个新的目录中。
3. 打开命令行工具,进入到新目录中,输入以下命令进行多序列比对:
```
clustalw *.fasta
```
这条命令会将所有的.fasta文件进行多序列比对,结果保存在一个新的文件中。
4. 查看结果文件,可以发现文件中包含了6个序列的多序列比对结果,如下所示:
```
1a0a_1 --------------------MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD
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1tqh_A --------------------MHHHHHHSSGLVPRGSHMSEFTSLYTKDLDPQRAAGNVTVDGDALGDKLGGLVLRIINEPTAAAIAYGLDQGVDKRYLVLGEIDYYIVGSDVGPLSALVKRLGASAKGLIVYDVPDGGSLGSKGVVMYAKGAKLGLDLVLDVYVGLEQVYVPGGSLGAAAVIGRDAGEKLRVLGVPISVTVTGIKDGELVLRVGLSKPKTYVSVVVDLFEAGDEVTIVVGGGIISGPGPVIAQVLQKLGIKPYLGMVGTDSGGAAVAAALKKAGVDVIIDPANGPHVAGPLLSYEETKRFQVAAFKQYPDKVVKLHTAKGEVYITLKEEGAGGSSVTTLSKYSTQEALEKLLQQGVAQVKAAYNQPSVIYVTNPTQGALPFLQEVYQYLNEQKRDQEELRKVWFRD```
结果中,每个序列的名称以及序列的比对结果都在一行中。结果与使用Tcoffee进行多序列比对的结果相同。
QWebEngineView如何生成.pdb文件
生成.pdb文件是为了调试程序时能够更方便地定位问题。如果你使用QWebEngineView进行开发,可以按照以下步骤生成.pdb文件:
1. 打开Qt Creator,将项目的构建方式设置为“调试”模式。
2. 在.pro文件中添加以下语句:
```
QMAKE_CXXFLAGS_DEBUG += /Zi
QMAKE_LFLAGS_DEBUG += /DEBUG /OPT:REF /OPT:ICF
```
这些语句会告诉编译器生成调试信息并将其包含在生成的可执行文件和库中。
3. 重新生成项目。
4. 在项目的构建目录中查找生成的QWebEngineView相关的库文件,例如“Qt5WebEngineWidgetsd.lib”。
5. 使用Visual Studio打开该库文件,选择“生成PDB文件”选项。
生成的.pdb文件将与库文件放在同一目录下,你可以使用它来调试QWebEngineView相关的代码。
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![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
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