gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps -title none -di 1.m2p -rainbow red可以将xom文件转化成eps,请修改以下代码,使其只显示只显示alpha-helix与beta-sheet,使alpha-helix用蓝色表示,beta-sheet用黄色表示。; Command line options of xpm2ps override the parameters in this file black&white = no ; Obsolete titlefont = Times-Roman ; A PostScript Font titlefontsize = 20 ; Font size (pt) legend = yes ; Show the legend legendfont = Times-Roman ; A PostScript Font legendlabel = ; Used when there is none in the .xpm legend2label = ; Used when merging two xpm’s legendfontsize = 14 ; Font size (pt) xbox = 2.0 ; x-size of a matrix element ybox = 2.0 ; y-size of a matrix element matrixspacing = 20.0 ; Space between 2 matrices xoffset = 0.0 ; Between matrix and bounding box yoffset = 0.0 ; Between matrix and bounding box x-major = 20 ; Major ticks on x axis every … frames x-minor = 5 ; Id. Minor ticks x-firstmajor = 0 ; First frame for major tick x-majorat0 = no ; Major tick at first frame x-majorticklen = 8.0 ; x-majorticklength x-minorticklen = 4.0 ; x-minorticklength x-label = ; Used when there is none in the .xpm x-fontsize = 16 ; Font size (pt) x-font = Times-Roman ; A PostScript Font x-tickfontsize = 10 ; Font size (pt) x-tickfont = Helvetica ; A PostScript Font y-major = 20 y-minor = 5 y-firstmajor = 0 y-majorat0 = no y-majorticklen = 8.0 y-minorticklen = 4.0 y-label = y-fontsize = 16 y-font = Times-Roman y-tickfontsize = 10 y-tickfont = Helvetica
时间: 2024-04-04 13:28:55 浏览: 166
可以使用以下代码来实现只显示alpha-helix与beta-sheet,alpha-helix用蓝色表示,beta-sheet用黄色表示:
gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps -rainbow blue yellow -1 2 -title none -di 1.m2p
其中,-rainbow参数用来设置颜色映射,blue表示alpha-helix的颜色,yellow表示beta-sheet的颜色;-1和2表示只显示XPM文件中数值为-1和2的部分,分别对应alpha-helix和beta-sheet;-title参数设置标题为none,-di参数设置输出dpi为1.m2p。其他参数保持不变。
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gmx pdb2gmx -f 1ETH.pdb -o 1ETH_processed.gro -water spc是什么意思
这是使用GROMACS工具中的pdb2gmx命令将1ETH.pdb文件转换为GROMACS格式的过程。其中:
-f 1ETH.pdb:指定输入的pdb文件名为1ETH.pdb。
-o 1ETH_processed.gro:指定输出的GROMACS格式文件名为1ETH_processed.gro。
-water spc:指定水模型为SPC(Simple Point Charge)。
因此,这条命令的含义是将输入的pdb文件1ETH.pdb转换为GROMACS格式的1ETH_processed.gro文件,并使用SPC水模型。
``` mpirun -r ssh -genv I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch -n 16 gmx_mpi mdrun -s em.tpr -deffnm em```pdsh是什么?
`pdsh` (Parallel Data Shell)是一个命令行工具,它通常用于管理和并行运行分布式计算任务,特别是在Linux环境下。当你看到这个命令行组合:
```
mpirun -r ssh -genv I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch -n 16 gmx_mpi mdrun -s em.tpr -deffnm em
```
其中`mpirun`是一个MPI(Message Passing Interface)启动程序,它用于在分布式环境中执行并行任务。`-r ssh`选项表示mpiexec将通过SSH(Secure Shell)协议远程连接到各个节点。`I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST bunch`指定了处理器的绑定策略(在这个例子中是bunch模式),`-n 16`表示使用16个进程。
`gmx_mpi`可能是GROMACS(一种分子动力学模拟软件)的一个并行版本,`mdrun`是GROMACS的核心运行程序。`-s em.tpr`指定输入坐标文件,`-deffnm em`则是设置默认的工作目录和输出文件前缀。
然而,`pdsh`本身并没有出现在这个命令中。如果你看到`pdsh`,那可能是在某个步骤之前或者之后,用户使用`pdsh`来管理这些命令在多个计算节点上进行分发。例如,用户可能会先使用`pdsh`启动多个`mpirun`实例,每个实例在不同的主机上运行上述命令。
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